Brothers har foreslået, at amygdalaen er en vigtig komponent i det neurale netværk, der ligger til grund for social kognition. Og Bauman og Kemper observerede tegn på neuropathologi i amygdalaen i den post mortem-autistiske hjerne. Disse resultater har sammen med nyere data om funktionel neuroimaging fået Baron-Cohen og kolleger til at foreslå, at en dysfunktion i amygdala kan være delvis ansvarlig for den forringelse af den sociale funktion, der er et karakteristisk træk ved autisme. Nylige data fra undersøgelser i vores laboratorium om virkningerne af amygdala-læsioner hos makak-aber er i modstrid med en grundlæggende rolle for amygdala i social adfærd. Hvis amygdala ikke er afgørende for normal social adfærd, hvilket synes at være tilfældet hos både ikke-menneskelige primater og udvalgte patienter med bilaterale amygdala-skader, så er det usandsynligt, at den er substratet for den unormale sociale adfærd ved autisme. En beskadigelse af amygdalaen har imidlertid en virkning på en abes reaktion på normalt frygtfremkaldende stimuli, såsom slanger, og fjerner en naturlig modvilje mod at engagere nye artsfæller i sociale interaktioner. Disse resultater fører til den konklusion, at amygdala spiller en vigtig rolle i forbindelse med opdagelsen af trusler og mobiliseringen af en passende adfærdsreaktion, hvoraf en del er frygt. Hvis amygdala er patologisk hos personer med autisme, kan det bidrage til deres unormale frygt og øgede ængstelse snarere end til deres unormale sociale adfærd.