Antoninerpesten, som blussede op under Marcus Aurelius’ regeringstid fra 165 e.Kr. og fortsatte under hans søn Commodus’ styre, spillede en så stor rolle, at patocænosen i den antikke verden blev ændret. Epidemiens udbredelse blev begunstiget af to militære episoder, som Marcus Aurelius selv deltog i: Partherkrigen i Mesopotamien og krigene mod markomannerne i det nordøstlige Italien, i Noricum og i Pannonien. Beretningerne om de kliniske træk ved epidemien er sparsomme og usammenhængende, og den vigtigste kilde er Galen, som var vidne til pesten. Desværre giver den store læge os kun en kortfattet præsentation af sygdommen, idet hans mål er at give terapeutiske tiltag, og han går således bort fra den nøjagtige beskrivelse af sygdomssymptomerne. Selv om beretningerne om nogle af de kliniske tilfælde, som Galen behandlede, giver anledning til at tro, at den antoninske pest var forårsaget af kopper, mangler der en palæopatologisk bekræftelse. Nogle arkæologiske beviser (f.eks. terracottafund) fra Italien kunne styrke denne opfattelse. På disse fund kan man observere nogle detaljer, der tyder på, at kunstneren har ønsket at fremstille de klassiske kopperpustler, som er typiske tegn på sygdommen. Epidemiens omfang har været genstand for en omfattende debat: de fleste forfattere er enige om, at pestens konsekvenser var alvorlige og påvirkede den militære værnepligt, landbrugets og byernes økonomi og tømte statskassen. Den antoninske pest påvirkede de gamle romerske traditioner og satte også sit præg på det kunstneriske udtryk; der blev registreret en fornyelse af åndelighed og religiøsitet. Disse begivenheder skabte betingelserne for udbredelsen af monoteistiske religioner, som f.eks. mithraismen og kristendommen. Denne periode, der var præget af sundhedsmæssige, sociale og økonomiske kriser, banede vejen for de tilgrænsende barbariske stammers indtræden i imperiet og rekrutteringen af barbariske tropper til den romerske hær; disse begivenheder var især befordrende for disse befolkningers kulturelle og politiske vækst. Antoninerpesten kan meget vel have skabt betingelserne for det romerske riges nedgang og senere for dets fald i Vesten i det femte århundrede e.Kr.