Apolinario Mabini blev født i Talaga, Tanauan, Batangas, den 22. juli 1864. Hans forældre tilhørte det fattige bondesamfund. Han studerede på Colegio de San Juan de Letran i 1881 og på Santo Thomas-universitetet, hvor han blev uddannet som jurist i 1894. I denne periode tjente han sit levebrød ved at undervise i latin og derefter tjene som kopist ved Retten i Første Instans i Manila.
I 1896 pådrog Mabini sig en sygdom, sandsynligvis barnlig lammelse, der fratog ham brugen af sine ben. Da Katipunan-opstanden brød ud i slutningen af samme år, arresterede de spanske myndigheder ham. Uden at mange vidste det, var Mabini allerede medlem af José Rizals reformistiske forening, Liga Filipina. Og selv om han som pacifistisk reformist i første omgang var skeptisk over for Andres Bonifacios væbnede oprør, blev Mabini senere overbevist om folkets næsten fanatiske ønske om frigørelse. Efterfølgende udgav han subversive manifester, der appellerede til alle filippinere om at forene sig mod Spanien.
I maj 1898 indkaldte Emilio Aguinaldo Mabini til at fungere som hans rådgiver. Mabini formulerede det berømte dekret af 18. juni, som reorganiserede den lokale regering under filippinsk kontrol. Hans politik under hele kampen kan indbegrebes af en udtalelse i dette dekret: “Regeringens første pligt er at fortolke folkets vilje troværdigt. ” Mabini var også medvirkende til at føre tilsyn med den korrekte retspleje, valget af delegerede til den revolutionære kongres og etableringen af selve den revolutionære regerings mekanisme.
Da den revolutionære kongres blev indkaldt i Barasoain, Malolos, Bulacan, den 15. september 1898, fandt Mabini sig selv i opposition til det velhavende borgerskabs planer om at udarbejde en forfatning. Han mente, at kongressen i lyset af krigens nødsituationer blot skulle rådgive præsidenten og ikke udarbejde en forfatning. Mabini, der blev slået af flertallet, fremlagde derefter sin egen forfatningsplan, der var baseret på den universelle frimureris vedtægter. Den blev forkastet til fordel for et sammensat udkast fremlagt af Felipe G. Calderon, som blev grundlaget for Malolos-forfatningen i den første filippinske republik.
Mabinis konflikt med konspirationen af ejendomsbesiddere og godsejerklassen i kongressen førte til hans formørkelse i 1899 som Aguinaldo’s betroede rådgiver – den eneste kompetente tænker og teoretiker i Aguinaldo’s kabinet. Det lykkedes Mabini at afsløre den ondskabsfulde opportunisme hos Paterno-Buencamino-kliken, som forsøgte at få kontrol over og profitere af den revolutionære regerings finansielle transaktioner. Da Aguinaldo-lejren flygtede fra de fremrykkende amerikanske styrker, blev Mabini taget til fange den 10. december 1899. Da han stadig nægtede at sværge troskabsed til den amerikanske regering og fortsat støttede oprørerne i deres ideologiske kamp, blev han deporteret til Guam i 1901. Han døde den 13. maj 1903.
Mabinis hovedværk, La Revolution Filipina, en begrundet analyse og overbevisende argumentation vedrørende de ideologiske implikationer af revolutionen mod Spanien og modstanden mod de amerikanske angribere, afslører den progressive og demokratiske impuls bag hans tankegang. Han forsøgte altid at mægle mellem folkets vilje og deres lederes beslutninger. Han var en uselvisk og dedikeret patriot.