Etableringen af systemet
Forfædrene til Tokugawa Ieyasu, grundlæggeren af Edo bakufu, var Matsudaira, en Sengoku daimyo-familie fra bjergregionen i Mikawa-provinsen (i det nuværende Aichi-præfektur), der havde opbygget deres base som daimyo ved at rykke ind på Mikawa-sletten. Men da de blev angrebet og besejret af den magtfulde Oda-familie fra vest, blev Ieyasus far, Hirotada, dræbt. Ieyasu var tidligere blevet sendt til Imagawa-familien som gidsel for at cementere en alliance, men var blevet taget til fange undervejs af Oda-familien. Efter sin fars død blev Ieyasu sendt til Imagawa-familien og tilbragte 12 år der under tilbageholdelse. Da Oda Nobunaga i 1560 tilintetgjorde Imagawa-familien i slaget ved Okehazama og dermed indledte sin ensretningskurs, blev Ieyasu endelig løsladt. Ieyasu vendte tilbage til Okazaki i Mikawa og bragte denne provins under sin kontrol. Som Oda’s allierede bevogtede han bagtroppen for fremrykningen mod Kyōto, og han udkæmpede herefter sine egne militære felttog og rykkede støt frem mod øst. I 1582 var han en magtfuld daimyo, der ud over sin hjemlige provins Mikawa besad de fire provinser Suruga og Tōtōmi (det moderne Shizuoka præfektur), Kai (Yamanashi præfektur) og det sydlige Shinano (Nagano præfektur).
Da Hideyoshi greb magten, modsatte Ieyasu sig ham i første omgang. Men han underkastede sig derefter, og da han steg til den mest magtfulde daimyo blandt Hideyoshis vasaller, blev han leder af de fem tairō (seniorministre), de højeste embedsmænd i Hideyoshis regime. Efter Hideyoshis død splittede daimyoerne sig mellem dem, der støttede Hideyori, og dem, der holdt med Ieyasu. Sagerne spidsede til i slaget ved Sekigahara i 1600, hvor Ieyasu vandt en afgørende sejr og etablerede sin nationale overherredømme. Ieyasu havde set både Nobunagas og Hideyoshis fiasko med at konsolidere et varigt styre, og i 1603 oprettede han Edo bakufu (mere almindeligt kendt som Tokugawa-shogunatet ) for at legalisere denne position. Han antog titlen shogun og udøvede på dette tidspunkt en fast kontrol over de resterende daimyo’er. Under påskud af at uddele belønninger efter Sekigahara, eksproprierede, reducerede eller overførte han et stort antal daimyo, der modsatte sig ham. Deres konfiskerede landområder gav han enten til slægtninge og ansatte i Tokugawa-familien for at gøre dem til daimyo’er og for at øge deres besiddelser, eller han reserverede dem som Tokugawa-husdomæner. Desuden blev Hideyoshis søn og arving Hideyori reduceret til at være daimyo i Kinki-distriktet (Ōsaka-området). To år efter oprettelsen af bakufu overlod Ieyasu shogunposten til sin søn Hidetada og trak sig tilbage til Sumpu (den moderne by Shizuoka) for at hellige sig at styrke fundamentet for bakufu. I 1615 stormede og erobrede Ieyasu slottet Ōsaka og udslettede Hideyori og Toyotomi-familien. Umiddelbart efter blev lovene for de militære huse (Buke Shohatto) og lovene for kejserlige og hofembedsmænd (Kinchū Narabi ni Kuge Shohatto) bekendtgjort som retsgrundlaget for bakufu-kontrollen over daimyoerne og det kejserlige hof. I 1616 døde Ieyasu, idet arvefølgen allerede var blevet fastlagt.
Under den anden og tredje shogun, Hidetada og hans efterfølger, Iemitsu, avancerede bakufu-kontrolpolitikken yderligere, indtil bakuhan-systemet – Tokugawa-shogunatets regeringssystem; bogstaveligt talt en kombination af bakufu og han (en daimyo’s domæne) – nåede sin afslutning. Ved omorganiseringerne i 1633-42 var den udøvende del af bakufu-regeringen næsten færdig, repræsenteret ved embederne som seniorråd (rōjū), juniorråd (wakadoshiyori) og tre kommissærer (bugyō) for landets templer og helligdomme, shogunens hovedstad og bakufus statskasse. Konfiskeringer og reduktioner af domæner fortsatte, og der fandt også omfattende overførsler af daimyo sted, hvorved de strategiske distrikter Kantō, Kinki og Tōkaidō blev fordelt mellem de daimyo, der var slægtninge og beboere til bakufu, og dermed holdt de “udefrakommende” (tozama) herremænd i skak. Sammen med omlægningen af daimyoerne blev landområderne under bakufus direkte kontrol også forøget på centrale punkter i hele landet. De vigtigste byer – Kyōto, Ōsaka og Nagasaki- og miner (især øen Sado) blev også placeret under direkte bakufu-administration og brugt til at kontrollere handel, industri og erhverv.
Bakufu reviderede også lovene for de militære huse og etablerede et system kaldet sankin kōtai (alternativt fremmøde), hvorefter daimyoerne skulle aflægge ceremonielle besøg i Edo hvert andet år, mens deres hustruer og børn boede permanent i Edo som gidsler. Systemet tvang også daimyoerne – især de potentielt farlige tozama, der boede længst væk – til at bruge store summer på at understøtte to separate administrative strukturer og rejser til og fra Edo. Desuden blev daimyoerne tvunget til at hjælpe med offentlige arbejder som f.eks. opførelsen af slotte i bakufu-domænerne, hvorved de blev holdt i økonomiske vanskeligheder. Tokugawa bakufu-domænerne udgjorde nu mere end syv millioner koku – ca. en fjerdedel af hele landet. Af disse områder var mere end fire millioner koku under direkte kontrol, og tre millioner koku var fordelt mellem hatamoto og gokenin, bakufus løjtnantsvasaler. Da bakufu desuden erklærede sig monopol på udenrigshandelen og alene havde ret til at udstede valuta, havde den desuden betydeligt større finansielle ressourcer end daimyoerne. Også med hensyn til militær styrke var det også langt mere magtfuldt end nogen enkelt daimyo.
I takt med den strukturelle organisering af bakufu som den øverste magt, tog daimyos domæneadministration (hansei) også gradvist form. Forholdet mellem shogunen og daimyoerne var forholdet mellem herre og vasal, baseret på det feudale chigyō-system. I teorien tilhørte jorden shogunen, som fordelte den mellem herremændene som en særlig tjeneste, eller go-on. For at få rang som daimyo skulle en kriger kontrollere landområder, der producerede mindst 10.000 koku. Til gengæld påtog daimyo’en sig forpligtelsen til at yde militære og andre tjenester til shogun’en. Præcis den samme forbindelse eksisterede mellem domæneherrerne og deres beboere; og for at daimyoerne kunne koncentrere og styrke deres herredømme, var det nødvendigt for dem at stramme denne forbindelse. For at begrænse deres vasalers traditionelle ret til chigyō, eller underdomæner, belønnede daimyo’erne dem i stedet med rispenge (kuramai), hvilket øgede deres afhængighed af daimyo’erne. Samtidig øgede denne politik de jorder, der var under daimyos direkte kontrol, hvilket styrkede domænets økonomiske grundlag. Således anvendte daimyo’erne de samme metoder over for deres egne vasaller, som bakufu’en brugte til at kontrollere dem. På denne måde blev der etableret et hierarkisk, “feudalt” regime ved hjælp af kokudaka-systemet, som strakte sig fra shogun’en gennem daimyo’erne til deres tjenere.
Kontrollen over landbrugsbefolkningen blev nu yderligere styrket. Taikō-landopmålingen havde anerkendt bøndernes rettigheder som de egentlige dyrkere af jorden og gjorde dem ansvarlige for skatterne. Med samme hensigt var bakufu- og daimyoernes landopgørelser meget mere detaljerede og præcise, idet de var optaget af at udvinde det størst mulige skatteudbytte. Tokugawa-landsbyerne adskilte sig således fra landsbyerne i de foregående tidsaldre, som var blevet kontrolleret af lokale godsejere eller myōshu. Tokugawa-landsbyerne bestod af en hovedkerne af småbønder, som generelt blev kaldt hyakushō. Da landsbyerne nu var administrative enheder under det nye regime, blev der etableret et treleddet system af landsbyofficerer – nanushi (eller shōya), kumigashira og hyakushōdai – til at udføre dets funktioner. Indbyggerne i byer og landsbyer i hele landet blev forpligtet til at danne gonin-gumi (“grupper af fem husstande”) eller naboforeninger for at fremme det fælles ansvar for skattebetaling, forhindre overtrædelser af deres overherres love, yde hinanden gensidig bistand og holde et generelt opsyn med hinanden. Den økonomiske kontrol med bønderne blev yderligere styrket. Det blev strengt forbudt for dem at købe, sælge eller opgive deres jord eller at skifte erhverv; der blev også indført minutiøse restriktioner med hensyn til deres påklædning, mad og bolig. Keian no Ofuregaki (“Proklamationer fra Keian-æraen”), der blev bekendtgjort af bakufu i 1649, var et kompendium af bakufu-politikker, der havde til formål at kontrollere administrationen i landdistrikterne.