Trimethoprim-sulfamethoxazol (TMP-SMX), eller Bactrim*, Septra* eller Cotrim*, er den foretrukne behandling. Den typiske kur til immunkompetente voksne er TMP 160 mg plus SMX 800 mg (en tablet med dobbelt styrke), oralt, to gange dagligt, i 7-10 dage. HIV-inficerede patienter kan have behov for længere behandlingskure.
Der er endnu ikke fundet nogen meget effektive alternativer til personer, der er allergiske over for (eller intolerante over for) TMP-SMX. Tilgange, der kan overvejes for sådanne personer, omfatter observation og symptomatisk behandling, anvendelse af et antibiotikum, hvis effektivitet mod Cyclospora er baseret på begrænsede data, eller desensibilisering over for TMP-SMX. Sidstnævnte fremgangsmåde bør kun overvejes for udvalgte patienter, der har behov for behandling, er blevet vurderet af en allergolog og ikke har en livstruende allergi.
Anekdotiske eller upublicerede data tyder på, at følgende lægemidler er ineffektive: albendazol, trimethoprim (når det anvendes som enkeltstof), azithromycin, nalidixinsyre, tinidazol, metronidazol, quinacrin, tetracyclin, doxycyclin og diloxanidfuroat. Selv om data fra en lille undersøgelse blandt HIV-inficerede patienter i Haiti tyder på, at ciprofloxacin muligvis har en beskeden aktivitet mod Cyclospora, tyder omfattende anekdotisk erfaring blandt mange immunkompetente personer på, at ciprofloxacin er ineffektivt.
* Brugen af handelsnavne er udelukkende til identifikation og indebærer ikke godkendelse af Public Health Service eller af U.S. Department of Health and Human Services.