Siden omkring 1850 har det cambodjanske flag haft en afbildning af Angkor Wat i midten. Det nuværende flag, med en blå bonce i 1948. Det blev brugt indtil den 9. oktober 1970, hvor der blev indført et nyt flag for Lon Nols Khmerrepublik, der varede indtil de røde khmerers magtovertagelse i 1975. Den efterfølgende stat Demokratisk Kampuchea, som eksisterede fra 1975 til 1979, brugte fra 1976 et rødt flag med et Angkor Wat-design med tre tårne, som blev bibeholdt i gult. Folkerepublikken Kampuchea blev oprettet i 1979 efter den vietnamesiske invasion af Cambodja.
Den kampucheanske nationale forenede front for national frelse (FUNSK) genoplivede det flag, som Khmer Issarak havde vedtaget i dagene med anti-fransk modstand, til den nye stat. Dette flag havde det samme farvemønster som DK-flaget, men med en gul silhuet af Angkor Wat med fem tårne. Da PRK omdøbte sig selv til “State of Cambodia” (SOC) i 1989, blev flagets nederste halvdel blå. UNTAC-flaget blev brugt i overgangsperioden 1992-1993 sammen med SOC’s flag i Cambodja.
I 1993 blev det cambodjanske flag fra 1948 genindført. Det nuværende cambodjanske flag er sammen med Afghanistans, Bolivias, Portugals, San Marinos og Spaniens flag de eneste seks statsflag, der har en bygning. Rød og blå er Cambodjas traditionelle farver.
Det flag, der anvendes i dag, er det samme som det, der blev etableret i 1948, selv om det ældre flag nogle gange siges at have brugt en rød omrids for Angkor Wat, mens det nuværende flag specifikt bruger sort. Siden da er der blevet brugt fem andre mellemliggende designs. Næsten alle har gjort brug af billedet af Angkor Wat-templet i en eller anden form. Dette berømte tempelsted, som stammer fra det 12. århundrede, blev bygget af Mahidharapura-monarkerne. Det har fem tårne, men de blev ikke altid alle afbildet i den stiliserede udgave, der anvendes på flagene. Monarkiet blev genindført i september 1993, og flaget fra 1948 blev genindført i juni samme år.