Lavlandsområderne i Chao Phrayas afvandingsområde i det centrale Thailand er blevet udpeget som Chao Phraya ferskvandssumpskove, en tropisk og subtropisk fugtig løvskovs-økoregion, et område på ca. 400 km fra nord til syd og 180 km bredt.
De oprindelige sumpskove er næsten helt forsvundet, efterhånden som sletten er blevet omdannet til rismarker, andet landbrug og byområder som Bangkok. En stor del af det dyreliv, der engang beboede disse sletter, er forsvundet, herunder et stort antal fisk i flodsystemerne, fugle som gribbe, den orientalske dværgmåler (Anhinga melanogaster), den hvidøjede flodskovandøje (Pseudochelidon sirintarae), sarustranen (Grus antigone) og dyr som tigre, asiatiske elefanter, javanh Næsehorn og den meget jagede Schomburgk-hjort. I dag kan vi kun gætte os til det oprindelige levested og dyreliv ved at sammenligne det med nabolandene. Det antages, at området skulle have bestået af ferskvandssumpområder inde i landet og salte mangrover på kysten og i flodmundingerne. Sumpen ville have været dækket af Phragmites-sumpgræs. I dag er der et lille område af dette tilbage i Khao Sam Roi Yot National Park, et levn fra det oprindelige landskab.
Da så meget er blevet ryddet eller ændret, er der ikke længere mulighed for at oprette store beskyttede områder for at bevare de oprindelige levesteder. Der er dog stadig mange vilde dyr og planter tilbage i rismarkerne, og der kan tages skridt til at bevare disse, da by- og industriudviklingen på sletterne er i gang, og Industrial Estate Authority of Thailand har meget lidt kontrol eller planlægning over dette. Særlige trusler kommer fra omdannelsen af rismarker til storstilet produktion af rejer ved at pumpe havvand ind og brugen af pesticider for at fjerne den indførte snegl, Pomacea canaliculata, som skader risplanterne.
Der er bestande af truede fugle, herunder kolonier af ynglende vandfugle som f.eks. verdens største bestande af den næsten truede asiatiske åbenstående snæbel (Anastomus oscitans) og andre fugle som f.eks. den overvintrende sorte milan (Milvus migrans). Endemiske pattedyr, der er tilbage, er kalkstensrotten (Niviviventer hinpoon), Neills langhalede kæmpe-rotte (Leopoldamys neilli) og den næsten endemiske thailandske rundbladede flagermus (Hipposideros halophyllus).
Chao Phraya-bækkenet er hjemsted for omkring et halvt dusin endemiske guldsmede- og dambrugsfluer. Bevaringsstatus for de fleste af disse er uklar (de er klassificeret som data deficient af IUCN), men Cryptophaea saukra er kritisk truet og Caliphaea angka er truet.
Der er få vådområdeområder, der er beskyttet som nationalparker, men disse er for det meste meget små.
FiskRediger
Chao Phraya-bækkenet er hjemsted for omkring 280 fiskearter, herunder ca. 30 endemiske arter. Langt den mest forskelligartede familie er Cyprinidae med 108 arter. Chao Phraya-flodens hovedstrøm har omkring 190 indfødte fiskearter. Generelt viser den akvatiske fauna i Chao Phraya og Mae Klong tydelige ligheder, og de er undertiden samlet i en enkelt økoregion med 328 fiskearter. På trods af deres ligheder er der også forskelle mellem Chao Phraya og Mae Klong’s akvatiske fauna; sidstnævnte (men ikke førstnævnte) er hjemsted for nogle få taxa, der ellers kun er kendt fra større burmesiske floder: Irrawaddy, Salween og Tenasserim. Den akvatiske fauna i Chao Phraya-Mae Klong viser også klare ligheder med faunaen i den midterste Mekong (faunaen i den nederste Mekong ligner mere faunaen i den østlige del af den malaysiske halvø). Man mener, at den øvre Mekong var forbundet med Chao Phraya (snarere end den nuværende nedre Mekong) indtil kvartæret, hvilket forklarer lighederne i deres flodfaunaer. Dette omfattede Nan River-bækkenet, en biflod til Chao Phraya, som er hjemsted for en række taxa (f.eks. Ambastaia nigrolineata og Sectoria), der ellers kun er kendt fra Mekong. Af de fiskearter, der er kendt fra Chao Phraya-Mae Klong, er det kun omkring 50, der ikke findes i Mekong.
Der er sket en omfattende ødelæggelse af levesteder (forurening, dæmninger og dræning til kunstvanding) i Chao Phraya-bækkenet, og overfiskning udgør også et problem. På det sydøstasiatiske fastland er den eneste ferskvandsregion med et tilsvarende højt trusselsniveau den nedre Mekong. Det er blevet anslået, at kun omkring 30 indfødte fiskearter stadig er i stand til at reproducere sig i Chao Phraya-flodens hovedstrøm.
Katfisken Platytropius siamensis er endemisk for Chao Phraya og Bang Pakong, men er ikke blevet registreret siden 1970’erne og betragtes som uddød. Der mangler også nyere registreringer af den næsten endemiske cyprinid Balantiocheilos ambusticauda, og den er muligvis uddød. Tre af verdens største ferskvandsfisk er hjemmehørende i floden, men de er alle alvorligt truede: den kritisk truede kæmpebarber (vilde bestande er blevet udryddet fra Chao Phraya, men findes stadig andre steder), den kritisk truede kæmpepangasius og den truede kæmpestor ferskvandssingray. Den kritisk truede rødhalede sorte haj, en lille farvestrålende cyprinid, der er endemisk for Chao Phraya, ses ofte i akvariehandelen, hvor den opdrættes i stort antal, men den eneste tilbageværende vilde bestand findes på et enkelt sted, der dækker mindre end 10 km2 . Den truede dværgfisk, en anden art, der opdrættes i stort antal til akvariehandel, er blevet udryddet fra det meste af sit udbredelsesområde i Chao Phraya. Den kritisk truede siamesiske tigerfisk er blevet helt udryddet fra Chao Phraya og Mae Klong, men der er stadig små bestande tilbage i Mekong-bækkenet.
Mange andre arter, der enten er fremtrædende i akvariehandelen eller vigtige spisefisk, er hjemmehørende i Chao Phraya-bækkenet, f.eks. klatrende aborre, blå panchax, asiatisk hummelkatfisk, kæmpeslangehoved, stribet slangehoved, vandrende havkat, båndet smerling, flere Yasuhikotakia-smerlinger, tinfoil barb, siamesisk algeæder, sølvbarb, perle danio, regnbuehaj, Hampala barb, sort hajmåler, Leptobarbus rubripinna, lang brystfinnemolly, knoglelæbebarber, Julliens guldkarpe, sortlinet rasbora, saksehalet rasbora, Tor tambroides, finskala tigerfisk, marmorgrundel, kinesisk algeæder, kæmpefjerbug, klovnfjerbug, kæmpegurami, flere Trichopodus gouramis, iriserende haj, flere Pangasius, Belodontichthys truncatus, flere Phalacronotus sheatfish, flere Wallago catfish, store bueskyttefisk, små bueskyttefisk og brydende halvnæb.
ForureningRediger
Den thailandske afdeling for forureningskontrol (PCD) rapporterer, at vandkvaliteten i de store floder, der løber ud i den øvre del af Den Thailandske Golf, er blevet alvorligt forringet i løbet af det seneste årti. Afdelingen har konstateret, at den nedre Chao Phraya indeholder bakterier og næringsstofforurening fra fosfater, fosfor og kvælstof. Næringsstofforurening får alger til at vokse hurtigere, end økosystemerne kan klare, hvilket skader vandkvaliteten, fødevarerne for vanddyr og havets levesteder. Den reducerer også den ilt, som fisk har brug for for at overleve. PCD vurderede vandkvaliteten ved Chao Phrayas udmunding ved Bang Khun Thian-distriktet i Bangkok som “meget dårlig”, værre end i 2014:56 PCD’s resultater viste, at der blev udledt store mængder spildevand i floden fra husholdninger, industri og landbrug.