Schlatter blev opdaget af en castingdirektør under en forestilling i 1987 og blev bedt om at komme til audition til Bright Lights, Big City. Dette førte til hans første filmoptræden, som lillebror til Michael J. Fox.
Han spillede hovedrollen i 1988’s Heartbreak Hotel (instrueret af Chris Columbus), hvor hans karakter kidnapper Elvis Presley i et forsøg på at gøre sin mor (Tuesday Weld) glad. Hans mest roste rolle var i komedien 18 Again! fra 1988. Hans 18-årige karakter bytter krop og sind med sin 81-årige bedstefar, spillet af George Burns. Hans arbejde i denne film blev beskrevet som værende “en film, der viser en enorm rækkevidde og ekstraordinære evner som skuespiller i sin komiske hovedrolle”.
Han spillede også hovedrollen i den australske romantiske film The Delinquents (1989) over for Kylie Minogue. I 1990 fik han rollen som Ferris Bueller i NBC’s sitcom Ferris Bueller sammen med Jennifer Aniston, der var baseret på John Hughes-filmen Ferris Bueller’s Day Off. I 1992 spillede han med i Sunset Heat sammen med Michael Paré, Dennis Hopper og Adam Ant. I 1994 medvirkede han i Police Academy: Mission to Moscow som kadet Kyle Connors.
I slutningen af 1995 begyndte Schlatter sin rolle som Dr. Jesse Travis i tv-serien Diagnosis: Murder, over for Dick Van Dyke, som var imponeret over hans præstation. Hans karakter blev introduceret som en comic relief-figur i tredje sæson, efter at Scott Bayos karakter flyttede til Colorado og aldrig vendte tilbage. Han forblev i serien i de næste seks sæsoner, indtil serien blev aflyst i 2001. I løbet af serien skrev han også afsnittet “A Resting Place”. Efter seriens afslutning forbliver han og Van Dyke nære venner, som fortsat besøger ham, Schlatter’s kone Colleen og deres tre børn. Han var også en af deltagerne ved sin skuespillermentors 90-års fødselsdagsfest den 13. december 2015 i Disneyland i Anaheim, Californien. Han sagde i et interview i 2017 på Acast.com, om han stadig er venner med den den dengang 91-årige Van Dyke: “Ja, jeg ved det! Jeg skylder ham nok et opkald, eller han skylder mig nok et opkald … Jeg ved det ikke! Det er lidt tid siden. Nej, han er den bedste!”
I begyndelsen af 2007 medvirkede han i filmene Out at the Wedding og Resurrection Mary.
I 2014 optrådte han som gæstestjerne i NCIS sæson 11 afsnittet “Shooter” i NCIS sæson 11, hvor han spillede Lorne Davis. I 2015 blev han fortælleren for truTV’s videoklipserie Top Funniest fra tredje sæson.
AnimationRediger
Siden begyndelsen af 1990’erne begyndte Schlatter at lægge stemme til figurer i mange serier. Blandt hans roller var bl.a. The Flash i Superman: The Animated Series, The Flash i The Batman og Batman Unlimited: Animal Instincts, titelfigurerne i pilotfilmen af Jimmy Two-Shoes og Kick Buttowski: Suburban Daredevil, Kevin Levin i Ben 10 (ikke at forveksle med Greg Cipes’ portrættering i fremtidige varianter), Hawk i A.T.O.M., Tommy Cadle i Pet Alien, Chris Kirkman i Random! Cartoons (en figur, som han senere skulle lægge stemme til i pilotafsnittet af Bravest Warriors), Cameron i Bratz og Doctor Mindbender, Wild Bill og Lift-Ticket i G.I. Joe: Schlatter blev oprindeligt overvejet til rollen som Philip J. Fry i Futurama, men Billy West fik rollen på grund af en castingændring.
Han lagde også stemme til Timmy i Nickelodeon-versionen af Winx Club og forskellige figurer i The Loud House.
VideospilRediger
Schlatter var stemmen til Major Raikov i Metal Gear Solid 3: Snake Eater samt Raiden i kortfilmen Metal Gear Raiden: Snake Eraser, der er inkluderet på den anden diskette til spillet Metal Gear Solid 3: Subsistence. Han lagde stemme til Specter, skurken i spillet Ape Escape 3. I 2012 lagde han også stemme til Finn i spillet Sorcery.
I 2004 lagde han stemme til Aatius Vedrix, Lucius Vulso, Tarakh, Steward Daedakovoon, Znink Flatzazzle og Dunn Coldbrow i EverQuest II. Han har for nylig lagt stemme til Robin og genoptaget sin rolle som The Flash i Lego Batman 2: DC Super Heroes, Lego Batman: The Movie – DC Super Heroes Unite, Lego Batman 3: Beyond Gotham og Lego Dimensions. Han lagde også stemme til hovedpersonen Wonder-Red i The Wonderful 101.