NBA Development LeagueRediger
Trods MVP-prisen i Portsmouth-lejren før udkastet blev Hayes ikke valgt i NBA-draften i 2005, men blev skrevet under af Houston Rockets før sæsonen 2005-06. Hayes spillede i flere preseasonkampe, inden han blev skåret ud. Hayes blev derefter valgt som nummer seks i 2005 NBA Development League Draft af Albuquerque Thunderbirds. Hayes førte NBA D-League i rebounding med 12,2 pr. kamp i sin tid hos Thunderbirds.
NBABearbejd
Houston Rockets (2006-2011)Rediger
På grund af en række skader i Houston-holdet blev Hayes skrevet under på en 10-dages kontrakt den 18. januar 2006. I sin anden kamp i Rockets-dragten lavede Hayes en double-double, idet han samlede 12 point og 13 rebounds i en 109-108 sejr over Chicago Bulls i dobbelt overtid den 20. januar. Den 28. januar meddelte Rockets, at de havde skrevet kontrakt med Hayes for resten af sæsonen. Hayes tjente i alt 231.390 dollars for sæsonen mellem den 10-dages kontrakt og kontrakten for resten af året. Han fik senere selskab af sin tidligere holdkammerat fra Kentucky, Keith Bogans, som blev handlet af Charlotte Bobcats for Lonny Baxter den 9. februar. Baxters afgang skabte plads i dybdespillet til Hayes. Hayes fik også midlertidigt selskab af en anden Kentucky-holdkammerat, Gerald Fitch, som blev handlet til Rockets den 23. februar, men som blev overført til D-League den 7. marts 2006.
Hayes var stille og roligt produktiv for Rockets i sin første sæson. Han var med i alle 40 kampe efter at være kommet til holdet og spillede i gennemsnit 13,4 minutter pr. kamp. Hayes var en af de mest effektive forsvarsspillere i ligaen og lå på tredjepladsen blandt rookies med hensyn til rebounds pr. 48 minutter (16,1) og på 14. pladsen med hensyn til steals pr. 48 minutter (2,33). Han havde også en FG% på 52,6%, hvilket var godt for 11. højeste i ligaen blandt spillere med mindst 100 feltmålsforsøg. Den 13. juni 2006 besluttede Rockets at udnytte optionsåret på hans kontrakt (som var 664.209 dollars værd), hvilket forlængede hans ophold hos Rockets til og med 2006-07-sæsonen. Hans første officielle start i NBA fandt sted den 4. november 2006 mod Dallas Mavericks. Han udgik efter 17 minutter, scorede 2 point og havde 3 rebounds og 2 steals.
Som starter i de fleste af Rockets’ kampe i 2006-07-sæsonen var Hayes en vigtig bidragsyder. Omfanget af hans rolle på holdet var begrænset til rebounding, forsvar og til at fungere som lokkedue eller sætte skærme i angrebet. Bolden var meget sjældent i hans hænder i angrebet. Ikke desto mindre fik han ros af sine trænere og optrådte på ranglisten for flere statistikker i NBA. Han sluttede sin anden sæson i NBA på 12. pladsen i rebounds pr. minut og på 34. pladsen i rebounds pr. kamp.
Flere faktorer hindrede Hayes’ præstationer i løbet af sæsonen. Han hyperextenderede sit venstre knæ og blev sat på sidelinjen i to uger. Hans udholdenhed og holdbarhed i løbet af en sæson med 82 kampe var også et problem; Hayes’ spillestil var mere fysisk krævende end de fleste andre. Endelig er Hayes blevet lidt berygtet for at få problemer med at begå forseelser. Han sluttede sin anden sæson med de tredjeflest forseelser pr. kamp og de syvendeflest forseelser pr. minut i NBA.
Selv om han ikke er en af ligaens bedste spillere, underskrev Hayes i 2006 en aftale om at være sponsor for sko med det kinesiske sportsbeklædningsfirma Li Ning. Aftalen blev vurderet til 5 millioner dollars. Den 31. juli 2007 underskrev Hayes en kontrakt med Houston Rockets med incitamenter til en værdi af 8 millioner dollars over fire år. I 2009 blev Hayes udnævnt til medkaptajn sammen med Shane Battier for Houston Rockets i 2009-10.
Fra 2003 til 2009 havde Hayes det næsthøjeste defensive justerede plus-minus af alle NBA-spillere. Indtil den 25. december 2009 havde Hayes det femte højeste samlede justerede plus-minus i NBA-sæsonen 2009-10.
I løbet af sæsonen 2009-10 måtte Hayes logge sine minutter som startende center, som erstatning for den skadede Yao Ming, der missede hele sæsonen, efter at han havde fået et hårfjerningsbrud i venstre fod.
Den 23. marts 2011 havde Hayes sin første triple-double i karrieren med 13 point, 14 rebounds og 11 assists i en 131-112 hjemmesejr over Golden State Warriors.
Sacramento Kings (2011-2013)Edit
Den 9. december 2011 underskrev Hayes en fireårig kontrakt på 21,3 millioner dollars med Sacramento Kings. Kings annullerede dog kontrakten den 19. december, efter at hans fysiske undersøgelse viste en hjerteafvigelse i en ekkotest, og holdet foretog yderligere test. Hayes tog derefter til Cleveland Clinic for at få foretaget omfattende undersøgelser af sit hjerte og udsendte den 22. december en erklæring om, at kardiologerne på hospitalet havde godkendt ham til at spille.
Den 22. december 2011 blev Hayes og Sacramento Kings enige om en fireårig kontrakt på 22,4 millioner dollars.
Toronto Raptors (2013-2015)Rediger
Den 9. december 2013 handlede Kings Hayes sammen med Greivis Vásquez, Patrick Patterson og John Salmons til Toronto Raptors for Rudy Gay, Quincy Acy og Aaron Gray.
Den 31. august 2015 skrev Hayes under med Los Angeles Clippers. Han blev dog senere waived af Clippers den 24. oktober efter at have optrådt i fire preseason-kampe.
Tilbage til Houston (2015)Rediger
Den 1. november 2015 skrev Hayes under med Houston Rockets og vendte tilbage til franchisen for anden gang. En uge senere blev han waived af Rockets efter at have optrådt i to kampe.