I 2003 sagsøgte investorer i Lancer Group Citco for angiveligt bevidst at have udsendt “vildledende” nettoværdiopgørelser (NAV). Citco informerede i sidste ende investorerne om, at selskabet trådte tilbage som administrator for Lancer-fondene, men gav ikke nogen forklaring. Mens Citco påpegede, at det havde anmodet Lancer’s bestyrelse om udtalelser om, hvorvidt værdiansættelserne var korrekte, skrev dommer Shira Scheindlin: “Selv om disse handlinger viser, at Citco Group satte spørgsmålstegn ved tallene, kan de også fortolkes som Citco Groups bestræbelser på at beskytte sin egen involvering i processen”. I sidste ende indgik Citco et forlig med investorerne.
I 2013 sagsøgte tre pensionssystemer i Louisiana, som havde investeret 100 mio. dollars i en hedgefond, der lovede et højt afkast med lav risiko, Citco, som administrerede handlen. I søgsmålet blev det hævdet, at Citco fortalte pensionsadministratorerne, at deres investering steg i værdi, mens det ikke var sandt, da Citco vildledte investorerne med hensyn til den sande værdi af investeringens aktiver.
I marts 2015 anlagde Roger Corman og hans kone sag mod Citco med påstand om søgsmålsgrunde, herunder brud på tillidspligt, bedrageri, vildledning og uberettiget berigelse, og sagde, at de endte med at miste op til 60 millioner dollars på grund af upassende handlinger og manglende handlinger fra Citco, der administrerede fonden.
Investorer i Fairfield Greenwich Group, den største operatør af “feeder-fonde” for Ponzi-svindleren Bernard Madoff, lagde sag an mod Citco i sagen Anwar v. Fairfield Greenwich, U.S. District Court, Southern District of New York, for dommer Shira Scheindlin. Investorerne hævdede, at Citco var forpligtet til uafhængigt at beregne fondenes NAV’er og give disse tal til aktionærerne, men i stedet: “Citco stolede blindt og uforsvarligt på oplysninger fra Madoff og fondene for at beregne og formidle fondenes NAV … selv om disse oplysninger var åbenbart fejlagtige”. Citco blev anklaget for at have undladt at overvåge og værdiansætte Fairfield Greenwichs investeringer korrekt, hvoraf mere end 7 mia. dollar blev sendt til Bernard L. Madoff Investment Securities LLC. Investorerne sagde, at de led store tab som følge af Citcos vildledning og forsømmelighed, da Madoffs Ponzi-ordning blev afsløret i december 2008. I august 2015 indvilligede Citco i at betale 125 mio. dollars for at bilægge påstande om, at det vildledte investorer til at investere med Fairfield Greenwich Group. Forliget var det største forlig med en administrator eller depotforvalter i forbindelse med Madoffs svindel.