Citrat (Si)-synthase | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
Identifikatorer | ||||||
EC nr. | 2.3.3.3.1 | |||||
CAS nr. | 9027-96-7 | |||||
Databaser | ||||||
IntEnz | IntEnz view | |||||
BRENDA | BRENDA post | |||||
ExPASy | NiceZyme visning | |||||
KEGG | KEGG-post | |||||
MetaCyc | metabolisk vej | |||||
PRIAM | profil | |||||
PDB-strukturer | RCSB PDB PDBe PDBsum | |||||
Genontologi | AmiGO / QuickGO | |||||
Search | PMC | PubMed | NCBI |
MechanismEdit
Citrat-syntase har tre nøgleaminosyrer i sit aktive sted (kendt som den katalytiske triade), som katalyserer omdannelsen af acetyl-CoA og oxaloacetat til citrat og H-SCoA i en aldolkondensationsreaktion. Denne omdannelse begynder med det negativt ladede carboxylat-sidekædens oxygenatom i Asp-375, der deprotonerer acetyl-CoA’s alfa-kulstofatom for at danne en enolat-anion, som igen neutraliseres ved protonering af His-274 for at danne et enol-intermediat . På dette tidspunkt abstraherer epsilon-nitrogenets enlige elektronpar på His-274, der blev dannet i sidste trin, hydroxyl-enolprotonen for at danne en enolat-anion, der indleder et nukleofilt angreb på oxaloacetatets carbonylkulstof, som igen deprotonerer epsilon-nitrogenatomet på His-320. Denne nukleofile addition resulterer i dannelsen af citroyl-CoA . På dette tidspunkt deprotoneres et vandmolekyle af His-320’s epsilon nitrogenatom, og hydrolysen indledes. Et af iltets ensomme par angriber nukleofilt carbonylkulstoffet i citroyl-CoA. Dette danner et tetraederformet mellemprodukt og resulterer i udstødning af -SCoA, idet carbonylstoffet reformeres. -SCoA protoneres for at danne HSCoA. Endelig deprotoneres den hydroxyl, der blev tilføjet til carbonylet i det foregående trin, og der dannes citrat.
HæmningRediger
Enzymet hæmmes af høje forhold mellem ATP:ADP og NADH:NAD, da høje koncentrationer af ATP og NADH viser, at energitilførslen er høj for cellen. Det hæmmes også af succinyl-CoA og propionyl-CoA, som ligner Acetyl-coA og virker som en kompetitiv hæmmer over for acetyl-CoA og en ikke-kompetitiv hæmmer over for oxaloacetat. Citrat hæmmer reaktionen og er et eksempel på produkthæmning. hæmningen af citratsyntase med acetyl-CoA-analoger er også veldokumenteret og er blevet brugt til at bevise eksistensen af et enkelt aktivt sted. Disse eksperimenter har afsløret, at dette enkeltsted veksler mellem to former, som deltager i henholdsvis ligase- og hydrolaseaktivitet. Dette protein kan anvende morfeein-modellen for allosterisk regulering.