Traditionelt henviser clathratforbindelser til polymere værter, der indeholder molekylære gæster. I nyere tid henviser udtrykket til mange molekylære værter, herunder calixarener og cyclodextriner og endog visse uorganiske polymerer som f.eks. zeolitter. Det naturlige silica-klatratmineral chibaite blev beskrevet fra Japan i 2008.
Mange klatrater er afledt af organiske hydrogenbundne rammer. Disse rammer fremstilles af molekyler, der “associerer sig selv” ved hjælp af flere hydrogenbindingsinteraktioner. De mest berømte clathrater er metanclathrater, hvor den hydrogenbundne ramme er bidraget af vand, og gæstemolekylerne er metan. Der findes store mængder metan, der er naturligt frosset i denne form, både i permafrostformationer og under havbunden i havene. Andre hydrogenbundne netværk er afledt af hydroquinon, urinstof og thiourea. Et meget studeret værtsmolekyle er Dianins forbindelse.
Hofmann-forbindelser er koordinationspolymerer med formlen Ni(CN)4-Ni(NH3)2. Disse materialer krystalliserer med små aromatiske gæster (benzen, visse xylener), og denne selektivitet er blevet udnyttet kommercielt til separation af disse kulbrinter. Metalorganiske rammeværker (MOF’er) danner clathrater.
Fotolytisk følsomme burforbindelser er blevet undersøgt som beholdere til frigivelse af et lægemiddel eller reagens.