Blakeman gik på University of Nebraska fra 1984 til 1987 og fungerede primært som reservequarterback for Nebraska Cornhuskers, herunder i sæsonerne 1986 og 1987 bag startspilleren Steve Taylor.
I Nebraskas kamp mod de uklassificerede Colorado Buffaloes den 25. oktober 1986 erstattede cheftræner Tom Osborne Taylor med Blakeman i fjerde quarter. Colorado begrænsede stadig Blakeman til 4 ud af 6 afslutninger for 37 yards og holdt stand og slog Huskers med 20-10, deres første sejr over Nebraska siden 1967 og Buffaloes’ første sejr over Nebraska på hjemmebane siden 1960.
Blakeman spillede i 1987 Sugar Bowl, en 30-15 sejr over Southeastern Conference-mesteren LSU.
Den 3. oktober 1987 førte South Carolina med 21-13 over Nebraska, da Taylor forlod kampen efter at have skadet sin skulder i det sidste spil i 3. quarter. I afløseren afsluttede Blakeman sin eneste aflevering for 8 yards. Men hjulpet af et stærkt løbespil og Nebraskas Blackshirts-forsvar, der tvang to turnovers frem og kun tillod 9 yards i 4. quarter, samledes Huskers omkring Blakeman og scorede 17 ubesvarede point for at vinde med 30-21.
Blakeman startede også to kampe i stedet for en skadet Taylor, som begge var sejre over Kansas Jayhawks. Den 15. november 1986 kastede han tre touchdown-pasninger og løb for endnu en, da han førte Nebraska til et 70-0 nederlag, det værste nederlag i Jayhawks historie og det største shutout af Nebraska indtil da. Og den 10. oktober 1987 afsluttede Blakeman 10 ud af 12 afleveringer for 100 yards og et touchdown i Nebraskas 54-2 sejr over Kansas.