Johnson boede i Montserrat i 10 år. Johnsons forskning fokuserer på superstrengteori og partikelfysik, specielt i forbindelse med stærkt koblede fænomener. Han har tidligere arbejdet på Kavli Institute for Theoretical Physics ved University of California, Santa Barbara, Institute for Advanced Study og Princeton University. Han modtog i 2005 Maxwell-medaljen og -prisen fra Institute of Physics “for sit fremragende bidrag til strengteori, kvantetyngdekraften og dens grænseflade med stærkt koblet feltteori, især for sit arbejde med at forstå censur af singulariteter og de termodynamiske egenskaber af kvanterumtid”. Han modtog en National Science Foundation CAREER Award i 1997. I 2005 anførte Journal of Blacks in Higher Education Clifford Johnson som den mest citerede sorte professor i matematik eller et beslægtet område på et amerikansk universitet eller college.
Han blev uddannet med en bachelor i fysik fra Imperial College London i 1989 og afsluttede sin ph.d.-grad i matematik og fysik fra University of Southampton i 1992.
Han arbejder også aktivt for at fremme videnskab i offentligheden og for at udbrede fysik. Som led i denne indsats optræder han regelmæssigt i History Channel-serien The Universe og fungerer som videnskabelig konsulent for Discovery Channel. Johnson har grundlagt African Summer Theory Institute, “som samler lærere, forskere og studerende på alle niveauer til en månedlang konference om et videnskabeligt emne – et andet hvert år – for at diskutere, skabe netværk og selvfølgelig lære noget.”
Han har også fungeret som videnskabelig konsulent for science fiction-film og tv-serier, herunder Avengers: Endgame og Star Trek: Discovery. Han havde en kort cameooptræden i filmen Palm Springs fra 2020.