Som følge af denne sejr besejrede Sparta athenerne og forsøgte således at skabe sit eget imperium i Ægæerhavet. Hendes forhold til Persien blev forværret, og hun begyndte at plyndre Pharnabazus’ og Tissaphernes’ satraperier i Anatolien. I 397 f.Kr. havde Pharnabazus overtalt den persiske konge Artaxerxes til at fortsætte krigen ad søvejen, og han samlede en flåde bestående af 300 fønikiske og cypriotiske skibe. I ren og skær antal ville de være overvældende, men de havde brug for en erfaren kommandør, og derfor fandt de Conon på Cypern, som kun var alt for glad for en chance for at tage hævn over peloponneserne.
Først rykkede Conon op til Karia med en lille del af flåden, hvor han i en periode blev blokeret, men så blev han reddet af Pharnabazus og Tissaphernes. Derefter fortsatte han til Rhodos, hvor det pro-spartanske oligarki blev erstattet af et demokrati, og det lykkedes ham at erobre fødevareleverancer, der blev sendt op fra Egypten. Som reaktion herpå besluttede spartanerne at sende deres flåde ud, men begik den fejl at overlade den til Peisander, som ikke havde nogen erfaring. Slaget fandt sted ved Cnidus i 394 f.Kr. og blev en let og overvældende persisk succes. De ægæiske byer fordrev de spartanske garnisoner og accepterede det persiske styre.
Efter denne succes følte Conon, at det var sikkert for ham at vende tilbage til Athen. Pharnabazus tillod ham at beholde en del af flåden og gav ham penge til befæstning af Piræus og genopbygning af de lange mure, der forbandt byen med Athen. Disse handlinger betød, at nogle af de vigtigste resultater af den peloponnesiske krig blev omgjort – Athen genvandt sin position som stormagt i Grækenland, og selv om det stadig havde mistet sit imperium, var Sparta blevet forhindret i at overtage det.
Det følgende år havde spartanerne indledt forhandlinger med perserne, og for at sikre deres position i Grækenland tilbød de at overdrage alle byerne i Anatolien til dem. Athenerne sendte delegerede (herunder Conon) for at meddele, at dette var uacceptabelt, hvilket Tiribazus forstod som udtryk for, at de stadig håbede at genvinde deres imperium, og forarget over denne kovending smed han dem i fængsel, Conon blandt dem. De antikke forfattere giver modstridende beretninger om hans endeligt: nogle hævder, at han blev sendt ind i det indre af Asien og dræbt; andre beretninger, der sandsynligvis er mere sandsynlige, fortæller, at han trak sig tilbage til Cypern og døde der. Hans søn Timotheus blev senere en anden fremtrædende general.