Anaheim AngelsRediger
Eckstein blev udtaget af Boston Red Sox i den 19. runde af amatørdraften i 1997, og blev valgt af Anaheim Angels den 16. august 2000. I løbet af Angels’ mesterskabsår 2002 førte han major leagues med tre grand slams, herunder grand slams i to kampe i træk mod Toronto Blue Jays, hvoraf den ene var en kampvindende grand slam, der fik Angels til at fuldføre sweep over Toronto, på et tidspunkt, hvor Angels var 7-14. Efter sweepet mod Jays vandt Angels 20 af deres næste 23 kampe.
St. Louis CardinalsRediger
I slutningen af 2004-sæsonen var Eckstein en del af en “shortstop-karrusel”, hvor tre free agent shortstops skiftede hold: Édgar Rentería gik fra Cardinals til Boston Red Sox, Orlando Cabrera gik fra Red Sox til Angels, og Eckstein gik fra Angels til Cardinals.
I sine første syv sæsoner samlede han 1.079 hits, mens han slog .286. Han blev valgt til National League All-Star-holdet i 2005 sammen med holdkammeraterne Chris Carpenter, Albert Pujols, Jason Isringhausen og Jim Edmonds. Han kom sent med på All-Star-holdet i 2006. I 3.772 slag i den regulære sæson slog Eckstein kun ud 305 gange, heraf 22 i 2007.
Eckstein var en fanfavorit i St. Louis, som anså ham for at være en “irriterende” hitter (han kvalt op på battet omkring 2 tommer). På Mors Dag, den 14. maj 2006, var Eckstein en af mere end 50 slagmænd, der svingede et lyserødt bat til fordel for Breast Cancer Foundation.
Som medlem af World Series-mesterholdet St. Louis Cardinals i 2006 blev Eckstein kåret som World Series MVP. Efter en start på 1-11 i de to første kampe i World Series gik Eckstein 8 ud af 22 med 4 RBI og scorede 3 runs i serien, herunder 4 ud af 5 med tre doubler i kamp 4. World Series-sejren med Cardinals gjorde Eckstein til en af de få startende shortstops, der har vundet en World Series i både den amerikanske og den nationale liga.
Eckstein blev hentet tilbage foran over 47.000 fans for at kaste den første kast i kamp 6 i World Series i St. Louis den 27. oktober 2011.
Toronto Blue JaysRediger
Den 5. november 2007 blev Eckstein free agent sammen med Kip Wells, Troy Percival og Miguel Cairo. Den 13. december 2007 underskrev han en etårig kontrakt på 4,5 millioner dollars med Toronto Blue Jays.
Arizona DiamondbacksRediger
Den 31. august 2008 blev Eckstein handlet til Arizona Diamondbacks for minor league pitcher Chad Beck.
San Diego PadresRediger
Den 15. januar 2009 underskrev han en nedsat etårig kontrakt med San Diego Padres på betingelse af, at han primært ville spille second base. Den 22. august 2009 forlængede San Diego Padres Ecksteins kontrakt til og med 2010.
Eckstein blev ikke tilknyttet et hold i 2011-sæsonen. I juni blev det rapporteret, at han modtog tilbud fra Padres og andre hold, men at han valgte ikke at spille baseball. Han arbejder for sin kone, skuespillerinden Ashley Eckstein. Han gik officielt på pension den 22. januar 2012.
KarrierestatistikRediger
I 1.311 kampe over 10 sæsoner opnåede Eckstein et slaggennemsnit på 0,280 (1.414-for-5.041) med 701 runs, 232 doubler, 20 tripler, 35 homeruns, 392 RBI, 123 stjålne baser, 376 baser på bolde, 0,345 on-base-procent og 0,355 slugging-procent. Han afsluttede sin karriere med en feltprocent på 0,982, hvor han spillede som shortstop og second base. I 44 kampe i eftersæsonen ramte han .278 (49-for-176) med 26 runs, 4 doubler, 2 homeruns, 18 RBI, 7 stjålne baser og 12 walks.