Giovanni Alfonso Borelli, oprindeligt Giovanni Francesco Antonio Alonso, (født 28. jan. 1608, Napoli, Napoli, Kongeriget Napoli -død 28. dec. 31. december 1679 i Rom), italiensk fysiolog og fysiker, som var den første til at forklare muskelbevægelser og andre kropsfunktioner i henhold til lovene om statik og dynamik.
Han blev udnævnt til professor i matematik i Messina i 1649 og i Pisa i 1656. I 1667 vendte han tilbage til Messina og tog i 1674 til Rom, hvor han boede under beskyttelse af Christina, den tidligere dronning af Sverige. Hans mest kendte værk er De Motu Animalium (1680-81; “Om dyrenes bevægelser”), hvori han søgte at forklare dyrekroppens bevægelser ud fra mekaniske principper; han regnes således som grundlæggeren af den iatrofysiske skole.
Borelli skrev også mange astronomiske værker, bl.a. en afhandling i 1666, der overvejede tiltrækningens indflydelse på Jupiters satellitter. I et brev, der blev offentliggjort i 1665 under pseudonymet Pier Maria Mutoli, var han den første til at foreslå tanken om, at kometer bevæger sig i en parabolisk bane.