Alternative kræftprotokoller bruger højdosis enzymterapi til at nedbryde tumorer, rense kredsløbet for affaldsstoffer og stimulere immunfunktionen. Systemiske enzymer, der anvendes i disse protokoller, nedbryder den beskyttende belægning af vira og frigør dem, så de kan identificeres og angribes af immunsystemet. Virus og andre patogene mikroorganismer øger i høj grad den giftige belastning og belaster immunforsvaret. Eliminering af disse infektioner er altafgørende for optimal immunfunktion.
Denne samme proces gælder for kræftceller. Når fibrin nedbrydes, er immunsystemet derefter i stand til at målrette patogene angribere mere effektivt. Enzymer øger også immunfunktionen ved at stimulere immunmolekyler, såsom cytokiner, makrofager og naturlige dræberceller. Når immunsystemet kører på fuld kraft, kan det gå i gang med sine opgaver med at forhindre vækst og spredning af kræft.
Systemiske enzymer øger effektiviteten af konventionelle kræftbehandlinger som f.eks. kemoterapi og stråling. Kemoterapi er bedre i stand til at angribe kræftceller, når fibrin nedbrydes, og der kan anvendes lavere doser. På grund af deres antiinflammatoriske og smertestillende virkninger er enzymer nyttige til at afbøde de negative bivirkninger af kemoterapi, såsom opkastning, smerter, muskelsvind og udmattelse. Enzymer er også nyttige til at nedbryde arvæv, som er en bivirkning ved stråling. Desuden kommer patienterne sig hurtigere efter en operation, når de tager enzymer.