Politisk omstrukturering
Et stort problem for Gorbatjov var, at der ikke var enighed i toppen om, hvad perestrojka, glasnost og demokratisering skulle føre til. De radikale reformatorer, Gorbatjov, Jakovlev og Sjevardnadze, blev overhalet af de moderate reformatorer, Ligatjov, Ryzjkov og andre. Problemet blev forværret af en tilsyneladende mangel på klarhed i Gorbatjovs egen tankegang. Han var aldrig i stand til at opstille et sammenhængende mål og midlerne til at nå det. Hans frustrationer over partiapparatet fik ham til at formulere en meget radikal løsning – at emasculere det. Han ønskede at udelukke det fra den daglige involvering i forvaltningen af økonomien og at gøre en ende på dets dominans over den statslige lovgivende forsamling og partiets anliggender. Sekretariatet havde været partiets hjerne, og alle vigtige beslutninger var blevet truffet der. Gorbatjov ønskede at gøre en ende på partifunktionærernes dominans over sovjetterne. Han opnåede denne bemærkelsesværdige bedrift på den 19. partikonference i juni 1988. Partiet mistede dermed sin dominerende rolle i centrum af den politiske proces, men fik sin hævn over Gorbatjov ved at konsolidere sin magt i periferien, hvor de svage sovjetter ikke kunne hamle op med det. Der var således tale om en centrifugal strøm af magt fra centrum til periferien. Denne proces havde været i gang siden Stalins død, og afsættelsen af Khrusjtjov havde understreget de lokale partifunktionærers indflydelse. Brezhnev-æraen forstærkede yderligere strømmen af magt til periferien.
Valg til U.S.S.S.R.’s kongres af folkedeputerede, som erstattede U.S.S.S.R.’s øverste sovjet som det højeste organ for statsmagten, fandt sted i marts 1989. Omkring 88 procent af de deputerede var kommunister, men på det tidspunkt var det kommunistiske parti ikke længere et monolitisk parti. Kongressen valgte blandt sine medlemmer en tokammerlovgivende forsamling (kaldet den øverste sovjet), hvor hvert kammer havde 271 medlemmer. Gorbatjov var formand for forhandlingerne. Boris Jeltsin blev medlem af den øverste sovjet, efter at en anden suppleant havde trukket sig til fordel for ham. Jeltsin var blevet fyret som Moskvas partileder og fra sit medlemskab af politbureauet i november 1987 efter et rasende skænderi med Ligatjov. Gorbatjov valgte ikke at bakke ham op. Således begyndte den titaniske kamp mellem Gorbatjov og Jeltsin, som skulle resultere i Gorbatjovs politiske ødelæggelse. Som deputeret havde Jeltsin for første gang en national platform og brugte den meget dygtigt. Hovedpunkterne i hans angreb var partiprivilegier, perestrojkaens manglende succes, behovet for markedsreformer og personlig kritik af Gorbatjovs lederskab.
Det nye mønster i toppen blev gentaget i hver republik. Der blev valgt kongresser, og der udsprang højstesovjetter af dem. Der blev også afholdt lokale sovjetvalg i begyndelsen af 1990, som førte til mange chok. Kommunistiske embedsmænd, der var blevet opfordret af Gorbatjov til at stille op, blev ofte slået, selv når de stillede op som eneste kandidat. For at blive valgt skulle en deputeret have mere end 50 procent af de afgivne stemmer for at blive valgt. Glasnost gav ikke-russiske nationaliteter mulighed for at give udtryk for deres modstand mod russisk og kommunistisk dominans og førte til en vækst i nationalisme og regionalisme. Dette blev forværret af den økonomiske nedgang. Især i de baltiske republikker var der mange, der hævdede, at de kunne styre deres økonomiske anliggender bedre end Moskva. Interetniske stridigheder og konflikter blev intensiveret og resulterede undertiden i blodsudgydelser. Konflikten i Nagorno-Karabakh, en armensk domineret enklave i Aserbajdsjan, var den mest voldelige og bitre. De nyvalgte øverste sovjetter kunne hævde at tale på befolkningens vegne. Dette var især tilfældet i Baltikum. Flerpartipolitik blev legitimt i 1990, da artikel 6 i forfatningen, som havde garanteret et kommunistisk monopol, blev fjernet. Hundredvis, ja tusindvis af uformelle foreninger og derefter partier opstod i det modtagelige klima af glasnost og demokratisering. Folkefronter, især i de baltiske lande, forenede alle dem, der var imod Moskvas styre og stræbte efter uafhængighed. Da disse fronter dominerede i de øverste sovjetter, kunne de vedtage suverænitetserklæringer. I marts 1990 gik Litauen videre og erklærede sig uafhængigt. I maj 1990 blev Jeltsin, på trods af Gorbatjovs bitre modstand, formand for Ruslands øverste sovjet. Den følgende måned erklærede det russiske S.F.S.S.R. sig selv for en suveræn stat. Den hævdede, at dens love havde forrang for sovjetiske love. Gorbatjov erklærede dette for ugyldigt. Dette var mønsteret i alle republikker, der havde erklæret sig suveræne. Det blev kendt som “krigen om lovene”. Som følge heraf blev U.S.S.S.R.’s overlevelse et spørgsmål.
Gorbatjov blev snart træt af U.S.S.S.R.’s øverste sovjet med “nyt udseende” og kastede sit net endnu bredere ud i sin søgen efter en model. Han valgte til sidst et udøvende præsidentembede baseret på en blanding af det amerikanske og det franske præsidentembede. Efter amerikansk skik havde han brug for en vicepræsident. Desværre valgte han Gennady Yanayev – den kasakhiske leder Nursultan Nazarbayev og Shevardnadze havde takket nej til jobbet. Ministerrådet i U.S.S.S.R. blev afskaffet og erstattet af et ministerkabinet, der var underlagt præsidenten. På papiret havde Gorbatjov nået sin ambition: han var øverste beslutningstager og faktisk en konstitutionel diktator. Hans autoritet, eller hans evne til at træffe beslutninger, havde aldrig været større end nu. Men den magt, der følger med præsidentposten i USA og Frankrig, blev ikke overført til ham. Hans magt eller evne til at få sine beslutninger gennemført faldt dagligt.
Ansporet til reformer kom fra den politisk aktive del af det kommunistiske parti og samfundet. Imidlertid var modstanden mod perestrojka hårdest blandt den samme gruppe. Reformerne vidste, at partiet og statsapparatet var tidligere mestre i at blokere reformer, som de opfattede som værende i modstrid med deres interesser. Den eneste måde at få en reform igennem på var ved at bruge en murbrækker. I løbet af de første tre år iværksatte Gorbatjov en række reformer. Hver gang han stødte på modstand fra de konservative i partiet, trak han sig tilbage og søgte en anden vej til at komme videre. Ifølge Yakovlev, en af perestrojkaens arkitekter og dens vigtigste teoretiker, nåede revolutionen ovenfra et kritisk punkt på den 19. partikonference i juni 1988. Her blev Gorbatjov stillet over for et skarpt valg: at gå videre og omdanne perestrojka til en “ægte folkelig demokratisk revolution, gå hele vejen og give samfundet total frihed” eller at trække sig tilbage, forblive en kommunistisk reformator og forblive inden for bureaukratiets velkendte miljø. Jakovlev så forskellige farer for perestrojka: den kunne blive kvalt af den stalinistiske reaktion eller brezhnevitisk konservatisme eller blive snydt af embedsmænd, der talte dens slogans i munden, mens de omfordelte magten mellem sig selv. Valget stod mellem ægte eller kontrolleret demokrati. I begyndelsen af 1988 var Fjodor Burlatskij medlem af en lille gruppe under ledelse af Anatolij Lukjanov. Sidstnævnte foreslog en totrinstilgang til valget af en højstesovjet. Den juridiske myndighed skulle overdrages til lokale sovjetter, men forholdet mellem partiet og sovjetterne blev holdt uklart. Burlatskij foreslog direkte valg af den øverste sovjet, præsident og vicepræsident, men alle var imod dette undtagen Jakovlev. Gorbatjov kunne have gennemført en politisk revolution, men i overensstemmelse med sin strategi med lav risiko valgte han Lukjanovs forslag. Dette var en fatal fejltagelse. Hvis Gorbatjov havde stillet op til valg som præsident, kunne han have vundet. Han ville så være blevet folkets præsident. I stedet lod han sig vælge af U.S.S.S.R.’s kongres af folkedeputerede, et organ, der var domineret af kommunister. Desværre for Gorbatjov havde han åbnet Pandoras æske. De sociale og politiske kræfter, der blev vækket af perestrojka, kunne ikke reguleres fra oven. Hvis Gorbatjov ikke ville gøre dem til sin valgkreds, så ville andre gøre det. Kommunistpartiet gjorde modstand mod demokratiets fremmarch og mistede sine mere radikale medlemmer. De oprettede deres egne grupper og udfordrede partiet direkte. Boris Jeltsin fremstod som den mest sandsynlige leder af den radikale vælgergruppe. Hans valg som formand for det russiske parlament i maj 1990 viste sig at blive et vendepunkt for Gorbatjov. Jeltsin blev et tiltrækningssted for frustrerede, radikale, især økonomiske, reformister. Gorbatjovs største fejltagelser blev begået i den økonomiske politik.