Journal of Biomedical Informatics afspejler et engagement i originale forskningsartikler, anmeldelser og kommentarer af høj kvalitet inden for området biomedicinsk informatikmetodologi. Selv om vi offentliggør artikler, der er motiveret af anvendelser inden for de biomedicinske videnskaber (f.eks. klinisk medicin, sundhedspleje, befolkningssundhed og translationel bioinformatik), lægger tidsskriftet vægt på rapporter om nye metodologier og teknikker, der har generel anvendelighed, og som danner grundlaget for videnskaben om biomedicinsk informatik, der er under udvikling. Artikler om medicinsk udstyr, evalueringer af implementerede systemer (herunder kliniske forsøg med informationsteknologier) eller artikler, der giver indsigt i en biologisk proces, en specifik sygdom eller behandlingsmuligheder, vil generelt være mere velegnede til offentliggørelse i andre tidsskrifter. Artikler om anvendelser af signalbehandling og billedanalyse er ofte mere velegnede til biomedicinske ingeniørtidsskrifter eller andre informatiktidsskrifter, selv om vi offentliggør artikler, der lægger vægt på informationsstyring og vidensrepræsentation/modelleringsspørgsmål, der opstår i forbindelse med lagring og brug af biologiske signaler og billeder. Systembeskrivelser er velkomne, hvis de illustrerer og underbygger den underliggende metodologi, som er rapportens hovedfokus, og der gøres en indsats for at behandle generaliserbarheden og/eller anvendelsesområdet for denne metodologi. Bemærk også, at i betragtning af JBI’s internationale karakter kan artikler, der omhandler andre specifikke sprog end engelsk eller landespecifikke sundhedssystemer eller tilgange, kun accepteres i JBI, hvis de giver generaliserbare erfaringer, der er relevante for den brede læserskare i JBI, uanset deres land, sprog, kultur eller sundhedssystem.
Hvilke artikler er egnede til JBI?
Afhandlinger, der svarer til et behov inden for medicin, ikke bare et praktisk datasæt til analyse med nye metoder, som kunne gå ind i et teknisk tidsskrift i stedet.
Involvering af sundhedspersonale i motivationen for arbejdet og evalueringen af resultaterne er normalt nødvendig.
Vi opfordrer JBI-forfattere af originale forskningsartikler til at beskrive arbejde som følgende:
“Jeg havde et virkeligt biomedicinsk problem, jeg prøvede eksisterende teknikker, men de virkede ikke. Så jeg udviklede en ny metodologi og evaluerede dens egnethed og sammenlignede den med det aktuelle tekniske niveau inden for mit virkelige domæne. Det fik mig til at tænke på, hvilke andre problemer denne nye metode kunne hjælpe med at løse. Jeg relaterede mig til dette i diskussionen og viser, at jeg har en ny generisk metode, der ikke er specifik for et snævert anvendelsesområde.”
“Selv om jeg har brugt eksisterende ML-metoder, har jeg skabt og valideret en ‘metode af metoder’, der forklarer, hvordan man anvender de eksisterende metoder på et rum af biomedicinske problemer, der deler unikke karakteristika, som påvirker valget af metoder.”
Hvad er biomedicinsk informatik?
“Biomedicinsk informatik er det tværfaglige område, der studerer og forfølger den effektive brug af biomedicinske data, information og viden til videnskabelig undersøgelse, problemløsning og beslutningstagning, motiveret af bestræbelser på at forbedre menneskers sundhed.”
C A Kulikowski et al, AMIA Board white paper: Definition of biomedical informatics and specification of core competencies for graduate education in the discipline, Journal of the American Medical Informatics Association, vol. 19, no. 6, pp. 931-938, november 2012.
Hvilke områder inden for biomedicinsk informatik falder uden for JBI’s anvendelsesområde?
Papirer om signalbehandling, billeddannelse, medicinsk udstyr, kommunikationsnetværk og sikkerhed falder normalt uden for JBI’s anvendelsesområde; selv bioinformatik/sygdomsmodelleringsartikler kan falde uden for anvendelsesområdet. For at komme i betragtning til JBI skal alle sådanne artikler introducere nye informatikmetoder, der bygger på en dyb forståelse og udnyttelse af viden om det medicinske domæne, og de skal kunne omsættes til medicinske anvendelser. Eksempler på artikler, der ikke vil komme i betragtning, er artikler, der forudsiger DNA-sekvensers struktur (ikke oversættelige) eller artikler om sygdomstransmissionsmodellering, der ikke viser forståelse og anvendelse af epidemiologi i forbindelse med smitsomme sygdomme, eller som ikke kan anvendes i praksis.
De metoder, der er i fokus i JBI-artikler, kan være hentet fra en hvilken som helst af en række af de videnskaber, der indgår i biomedicinsk informatik. Selv om metoderne ofte er relateret til datalogi, vil mange JBI-artikler lægge vægt på innovative teknikker fra andre områder, f.eks. beslutningsvidenskab, statistik, kognitiv videnskab, psykologi, informationsvidenskab, organisationsteori eller ledelsesvidenskab.
Hvis du overvejer at indsende din bioinformatikartikel til JBI, skal du være opmærksom på dette metodologiske fokus. Biologiske opdagelser baseret på brugen af rutinemæssige informatikteknikker kan være vigtige biologiske bidrag, men er ikke egnede til JBI. Desuden skal du være opmærksom på, at JBI kun offentliggør bioinformatikartikler, hvis de omhandler spørgsmål inden for translationel (human) videnskab. Se den redaktionelle artikel om translationel bioinformatik, der omhandler dette emne, før du indsender dit bidrag.
Bidrag om biomedicinsk privatlivets fred eller sikkerhed skal også tilbyde nye og praktiske metoder, der klart er motiveret af udfordringerne inden for sundhedspleje og biomedicin. En etableret metode fra et andet område er ikke berettiget til at blive genudgivet i JBI, blot fordi den er blevet anvendt på et biomedicinsk problem. Vi leder også efter artikler, der beskriver væsentlige metodologiske nyskabelser snarere end små inkrementelle forbedringer af tidligere offentliggjorte teknikker. Se vores redaktionelle artikel om privatlivets fred og sikkerhed for at få flere detaljer om vores politikker for acceptable artikler på dette område.
Afhandlinger er generelt af syv typer:
1. Almindelige forskningsartikler: Præsentation og diskussion af et biomedicinsk eller klinisk motiveret system eller en tilgang, som har krævet udvikling af innovative metoder snarere end anvendelse af etablerede teknikker. Motiverende anvendelser kan diskuteres, men den nye metode bør diskuteres, så generaliserbarheden er klar, ideelt set med en vurdering af dens anvendelsesområde. Vælg venligst artikeltypen “Research Paper” under indsendelsesprocessen.
2. Metodologiske oversigtsartikler: Gennemgang af en metodologisk tilgang, der opsummerer dens indførelse, anvendelse, succeser og begrænsninger. Sådanne anmeldelser vil også ofte foreslå fremtidige forskningsretninger eller kritisere en metode og diskutere den række af problemer, som den måske ikke er en passende løsning på. Bemærk, at sådanne anmeldelser bør fokusere på en metode eller tilgang og ikke på et specifikt anvendelsesområde (undgå f.eks. at indsende anmeldelser som “Computers in Diabetes Management”). Vælg venligst artikeltypen “Review article” under indsendelsesprocessen.
3. Kommentarer: Dette er artikler, der generelt er kortere end forskningsartikler, og som har tendens til at diskutere tidligere offentliggjorte artikler eller et tema, der er et vigtigt fokusområde for det metodologiske grundlag for biomedicinsk informatikforskning og dens anvendelse. Kommentarer inviteres ofte, men kan indsendes af alle efter en drøftelse med redaktørerne. Hvis man overvejer at indsende en kommentar, bedes man på forhånd indsende et kort forslag til [email protected]. Hvis din indsendelse af en kommentar er blevet opfordret eller godkendt af redaktøren, skal du vælge artikeltypen “Discussions” under indsendelsesprocessen og i følgebrevet angive, at dit manuskript er tænkt som en kommentar.
4. Særlige meddelelser: Dette er artikler, der behandler et emne af bred interesse for det metodologisk orienterede informatikforskningsmiljø. De kan rapportere om resultaterne af workshops eller forskningsundersøgelser og generelt tilbyde erfaringer eller vejledning, som vil være nyttige for andre. Sådanne artikler behøver ikke nødvendigvis at omhandle innovative nye informatikmetoder. Hvis man overvejer at indsende en særlig meddelelse, bedes man på forhånd indsende et kort forslag til [email protected]. Hvis din indsendelse af en specialmeddelelse er blevet godkendt af redaktøren, skal du vælge artikeltypen “Discussion” under indsendelsesprocessen og i følgebrevet angive, at dit manuskript er tænkt som en specialmeddelelse.
5. Breve til redaktøren: Læserbreve kan indsendes og vil blive overvejet med henblik på eventuel offentliggørelse i tidsskriftet. De kommenterer typisk en tidligere offentliggjort artikel. Vælg venligst artikeltypen “Correspondence” under indsendelsesprocessen.
6. Boganmeldelser: Redaktørerne vil lejlighedsvis identificere en ny bog, som sandsynligvis vil være af interesse for JBI’s læserskare. De vil invitere enkeltpersoner til at skrive anmeldelser af disse bind, og sådanne indsendelser er kun efter invitation. Uopfordrede boganmeldelser vil ikke blive taget i betragtning. Vælg venligst artikeltypen “Book review” under indsendelsesprocessen.
7. Editorials: Redaktørerne eller deres inviterede vil lejlighedsvis offentliggøre redaktionelle artikler, men uopfordrede redaktionelle artikler vil ikke blive taget i betragtning. Vælg venligst artikeltypen “Editorial” under indsendelsesprocessen.
Når en forfatter indsender et manuskript som svar på en opfordring til at indsende artikler til et særligt tematisk nummer, skal indsendelseskategorien være titlen på det særlige nummer, men i følgebrevet skal det angives, om artiklen er en metodologisk gennemgang, en almindelig artikel eller en kommentar.
Videre baggrund til gennemgang før indsendelse af en artikel
Journal of Biomedical Informatics (JBI), der første gang blev udgivet af Academic Press i 1968 under titlen Computers and Biomedical Research (CBR), blev redesignet og omdøbt fra og med bind 34 i 2001. Med udgangspunkt i en stærk 33-årig historie siden CBR’s premiere i 1968 foretog vi en række ændringer for at opdatere og omorientere tidsskriftet i lyset af udviklingen inden for området, samtidig med at vi søgte at udfylde en niche, der ikke klart er identificeret som et centralt fokus af de andre tidsskrifter, der publicerer artikler om biomedicinsk informatikforskning. Vi formulerede dette mål således i vores indledende redaktionelle indlæg:
“Det er i stigende grad vanskeligt at udgive artikler, der vil have bred appel til en forskelligartet læserskare. Vi har derfor besluttet, at det er vigtigt at indføre et strammere fokus for tidsskriftet i de kommende år, og det er med dette for øje, at vi har omdøbt tidsskriftet for at afspejle en mere moderne og snæver fokusering. Journal of Biomedical Informatics (JBI) skal supplere snarere end konkurrere med de andre store tidsskrifter inden for biomedicinsk informatik. Vi ønsker især at lægge vægt på artikler, der belyser metoder, som kan generaliseres på tværs af biomedicinske områder, og som bidrager til at danne det videnskabelige grundlag for området. Der vil være en tendens til, at artiklerne snarere vil omhandle informationsteknologi end medicinsk udstyr og de underliggende metoder snarere end systembeskrivelser eller summative evalueringer. Du bør forvente, at dette tidsskrift vil være en fremragende kilde til nye idéer om, hvordan man tackler vanskelige problemer, der opstår i forbindelse med udviklingen af beregningsmæssige løsninger på problemer inden for de biomedicinske videnskaber og klinisk praksis.”
Med næsten to årtiers udgivelse under JBI-titlen er vi glade for tidsskriftets succes. Det har et ry for ekspertise og stringens, og vi håber, at vores læsere og publicerede forfattere på samme måde er imponeret over kvaliteten af både det arbejde og den skriftlighed, som vi har tiltrukket til disse sider.
JBI søger at offentliggøre artikler, der yder et konceptuelt bidrag til området, typisk ved at beskrive en nyskabelse inden for metodologi eller teknik eller ved at diskutere væsentlige generaliserbare erfaringer, der er blevet gjort i forbindelse med et interessant informatikprojekt. Når et bidrag har et teoretisk grundlag, er det også hensigtsmæssigt at lægge vægt på denne teori i redegørelsen. Det er vores erfaring, at mange forskningsprojekter, der starter som anvendelsesprojekter, resulterer i metodologisk innovation, som, hvis de beskrives korrekt, bidrager til det videnskabelige grundlag for vores disciplin. Vi fraråder således ikke indsendelser, der omhandler interessante anvendelser, men opfordrer snarere til at se på, hvordan man bedst skriver om og deler generaliserbare metodologiske indsigter, der stammer fra det anvendte arbejde, og som andre kan drage nytte af. Vi mener, at sådanne artikler udgør kernen i biomedicinsk informatik som videnskab.
Der har været fem hovedårsager til at returnere artikler uden gennemgang. Den måske mest almindelige opstår, når en artikel primært er en beskrivelse af en informatikanvendelse eller en evaluering heraf. Et nyt klinisk system, som omhandler et vigtigt klinisk problem, men som ikke indeholder en ny metodologi, ville være mere passende for et andet tidsskrift, enten inden for anvendt informatik eller inden for det kliniske anvendelsesområde. På samme måde vil undersøgelser/spørgeskemaundersøgelser eller analyser af brugerbehov sandsynligvis kun være egnede til JBI, hvis de bidrager med nye metoder til gennemførelse af sådanne undersøgelser eller analyser eller ny indsigt i brugeradfærd, kognitiv videnskab eller interaktion mellem menneske og computer.
En anden grund til at returnere artikler uden gennemgang forekommer, når en artikel ikke omhandler de centrale informatikbegreber informations- og vidensstyring. Dette sker oftest, når en artikel præsenterer et nyt medicinsk udstyr eller en tilgang til biomedicinsk signal- eller billedbehandling, især når hovedvægten ligger på numeriske metoder eller fysiologisk overvågning snarere end på informationsbehandling og -styring eller videnbaserede tilgange. Vi henviser normalt sådanne artikler til biomedicinske tekniske tidsskrifter eller til kliniske tidsskrifter inden for anvendelsesområdet (f.eks, et kardiologisk tidsskrift for nye tilgange til analyse af elektrokardiogrammer eller et tidsskrift om billeddannelse for en ny matematisk tilgang til segmentering eller andre aspekter af billedanalyse).
For det tredje, fordi området biomedicinsk informatik på tværs af alle anvendelser er motiveret til at have en positiv indvirkning på menneskers sundhed eller behandling af sygdomme hos mennesker, bør bioinformatikartikler, der indsendes til JBI, være inden for området translationel bioinformatik (TBI). Vi afviser rutinemæssigt artikler uden gennemgang, hvis de omhandler grundlæggende bioinformatikløsninger, der er bredt anvendelige (f.eks. analysemetoder til mikroarrays), men som ikke specifikt er motiveret af menneskers sundhed eller sygdom. Vi offentliggør derfor ikke artikler, der omhandler bioinformatik eller genomikmetoder for planter eller dyr, der specifikt er beregnet til brug inden for landbrug eller zoologi.
For det fjerde bruger vi understøttende software til at vurdere hver enkelt indsendelse til JBI og ser efter, om der er tegn på betydelig genbrug af tekst fra andre offentliggjorte artikler. I nogle tilfælde citeres de tidligere publikationer ikke engang i den nye artikel. Uanset om forfatterne til et manuskript også er forfattere til en artikel, hvorfra teksten er blevet genbrugt, afviser vi generelt at gennemgå artikler, der har et betydeligt overlap med andre publikationer. Sådanne fremgangsmåder giver ikke blot anledning til bekymring for plagiat (eller selvplagiat), men rejser også spørgsmål om nytænkningen af det arbejde, der præsenteres i det nye manuskript. Vi forventer, at alle artikler er skrevet de novo og beder om, at manuskripterne (og følgeskrivelsen) gør det klart, hvordan det nye arbejde bygger på, forbedrer eller overgår tidligere offentliggjort arbejde.
Sluttelig, selv om JBI er et internationalt tidsskrift, og vi forstår de udfordringer, som forfattere står over for, når engelsk ikke er deres modersmål, har nogle artikler så alvorlige problemer med deres engelske fremstilling, at vi afviser dem eller returnerer dem til revision og foreslår, at en redaktør eller medforfatter, der er ekspert i engelsk, inddrages, før artiklen kan vurderes egnet til at indgå i den videnskabelige gennemgangsproces. Mindre sproglige problemer kan korrigeres i den redaktionelle proces, men mere alvorlige problemer forhindrer en passende vurdering af det videnskabelige bidrag.
Af de artikler, der er blevet gennemgået, er vores endelige acceptprocent nu ca. 25 %. Alle offentliggjorte artikler er først blevet accepteret efter betydelige revisioner, så forfatterne bør ikke blive overraskede, når der er behov for revisioner, før en artikel er klar til offentliggørelse. Vi mener imidlertid, at den strenghed, som vi har indført i gennemgangen og revisionsprocessen, har resulteret i et bedre og mere videnskabeligt brugbart produkt. F.eks. tyder anekdotisk feedback samt data om citation og downloading på, at de metodologiske oversigter, der indgår i næsten alle numre, i vid udstrækning er blevet brugt til uddannelses- og undersøgelsesformål.
Vi har modtaget et stigende antal indsendte artikler hvert år siden overgangen fra CBR til JBI. I vores første år modtog vi omkring 100 manuskripter, men nu modtager vi langt over 800 artikler om året. Som følge heraf er tidsskriftet vokset i størrelse, med flere artikler pr. nummer. Vi dedikerer også to eller tre numre om året til særlige metodologiske emner, som overvåges af gæste redaktører, der foreslår os sådanne særlige numre. Accepterede artikler gøres straks tilgængelige online og indekseres i Medline. De vises kort efter i et samlet “virtuelt” nummer på ScienceDirect. Siden 2016 er vi holdt op med at producere en trykt udgave af JBI, da vi har erfaret, at langt den overvejende del af adgangen til tidsskriftet sker via internettet og ScienceDirect. Trykte eksemplarer af de fulde numre kan fås hos Elsevier via Print on Demand-tjenesterne. Artikler kan offentliggøres med åben adgang mod et gebyr betalt af forfatterne, men ellers er de kun tilgængelige for abonnenter i de første 12 måneder efter offentliggørelsen. Herefter er de åbne for fri adgang i vores åbne arkiv i ScienceDirect. Da tidsskriftet kun udgives online, er der ingen begrænsninger eller gebyrer for brug af farver i figurer eller fotografier i indsendte manuskripter.
Vi opfordrer dig til at indsende dit bedste metodologiske arbejde til JBI. Husk på, at vi giver mulighed for en dybtgående diskussion af en innovativ tilgang, som vurderet af vores bedømmere såvel som af redaktørerne, og vi har undgået enhver vilkårlig grænse for antal ord eller andre målinger vedrørende længden af de enkelte artikler. Vi opfordrer også til artikler, der beskriver ph.d.-afhandlinger, og vi understreger, at de omfattende emnegennemgange, der foretages i et afhandlingsdokument, ofte kan tilpasses til at udvikle en metodologisk oversigtsartikel, der er egnet til JBI. Tidsskriftet har heller ingen sideafgifter og kan omfatte multimediekomponenter for artikler i online-miljøet.
Biomedicinsk informatik er et spirende område med vigtige anvendelser og konsekvenser i hele den biomedicinske og kliniske verden. Vi er ivrige efter at få forskersamfundet til konsekvent at identificere JBI som det tidsskrift, der bedst definerer det videnskabelige grundlag for området. Vi inviterer derfor både dine bidrag og din læserskare.
Mor Peleg
Hovedredaktør
Skjul det fulde formål & Anvendelsesområde