De ældste kendte former for isolation er dem, der nævnes i Mosebøgerne (Bibelen) for over 3.400 år siden, især i forbindelse med spedalskhed. Hippokrates og Galen i det 5. århundrede f.Kr. rådede til “Cito, Longe, Tarde”, hvilket betyder “gå hurtigt, gå langt væk og kom sent tilbage”.
Fra det 13. og 14. århundrede og fremefter voksede formerne for isolation. For at forhindre spredning af sygdomme blev smittede personer adskilt fra hinanden blandt de gamle israelitter i henhold til Moseloven, som er fastlagt i Det Gamle Testamente.
Venedig gik forrest med sanitære foranstaltninger for at kontrollere spredningen af pest og udnævnte tre sundhedsinspektører i de første år af den sorte død (1348). Ordet “karantæne” stammer fra det italienske udtryk “quaranta giorni”, der betyder “fyrre dage”. Dens anvendelse i forbindelse med skibe har givet den sit navn, selv om det ikke er baseret på en videnskabelig grund. For de fleste sygdomme er inkubationstiden mindre end 40 dage med nogle få undtagelser som f.eks. infektiøs mononukleose eller Kuru.
I den nuværende æra var frygten for smitte ved hjemkomsten fra Månen (en interplanetarisk smitte) den vigtigste årsag til de karantæneprocedurer, der blev vedtaget i forbindelse med det første Apollo-programs missionsprogram. Astronauter og måneprøver blev sat i karantæne i Lunar Receiving Laboratory. Ligeledes er der for prøver fra en fremtidig Mars-mission en karantæneprotokol for alle prøver fra Mars, som vil blive udført i et biosikkerhedslaboratorium på niveau 4, kendt som Mars Sample Return Receiving Facility (MSRRF).