Den toårige ombygning af Babylon begyndte i 1999. Den kostede ti millioner mark og blev hovedsageligt finansieret af den tyske regering. Der blev givet udviklingsmidler fra et lotteri på to millioner euro til sæderne og det tekniske udstyr. Taget og loftet i det store auditorium blev renoveret. Træbjælkerne i loftet, som ikke længere kunne bære vægten, blev erstattet af stålbjælker, og der blev rejst et nyt tag over dem. Facaden af bygningen blev også restaureret.
Målet med restaureringen var ikke at bringe bygningen tilbage til, hvordan den så ud på et bestemt tidspunkt, men at bevare forskellige elementer fra hele bygningens historie. Foyeren blev ført tilbage til det, som den var, da bygningen åbnede i 1928, og auditoriet blev renoveret i 1948-stil med plyssæder og detaljer i stuk og forgyldte farver. Bygningen blev oprindeligt brugt som både biograf og teater og havde derfor et bagtæppeområde bag lærredet. Her blev der som led i restaureringen bygget et nyt mindre auditorium. Orkestergraven i det store auditorium blev restaureret, så et kammerorkester kan spille levende musik under forevisninger af stumfilm. I 1999 blev det 70 år gamle J. D. Philipps-biograforgel restaureret. Det er det eneste biograforgel i Tyskland, der stadig spilles på sin oprindelige plads.
I maj 2001 blev biografsalen genåbnet med filmen Othello af Orson Welles. I 2002 blev foreningen “Berlin filmkunst Babylon” tildelt “Silver Hemisphere” af den tyske fond for monumentbeskyttelse. Arkitekterne Joachim Roemer og Klaus Meyer-Rogge blev hædret for at have reddet en “nøglebygning inden for filmarkitektur”.
Babylon er et sted, hvor den internationale filmfestival i Berlin (Berlinale) finder sted. Det restaurerede biograforgel blev genindviet den 26. maj 2001 ved en visning af filmen The Golem: How He Came into the World (Golem: Hvordan han kom til verden). Dette blev efterfulgt af en række stumfilmkoncerter med pianisten Stephan von Bothmer.
I 2009 søgte nogle medarbejdere, der var medlemmer af den anarkosyndikalistiske Free Workers’ Union (FAU), om højere lønninger og bedre arbejdsvilkår. I slutningen af juli 2009 opfordrede FAU’s afdeling i Berlin til en boykot af biografen. Fagforeningen Ver.di indgik en kollektiv overenskomst med de ansatte med virkning fra den 1. januar 2010. I 2009 indledte biografoperatøren en retstvist med FAU om dens ret til at betegne sig selv som en fagforening. I oktober 2009 besluttede arbejdsretten i Berlin-Brandenburg, at FAU havde ret til at forhandle lønforhandlinger. Et midlertidigt forbud, som blev udstedt af Berlins højesteret i december 2009, forbød FAU Berlin indtil videre at kalde sig selv for en fagforening. Dette blev omstødt af højesteret i juni 2010.