SRA

Informationer om indsendelse

Registrér en undersøgelse og forsøgspersoner med dbGaP

En interaktiv oversigt over dbGaP-indberetning kan findes her.

Dokumentationspakken til dbGaP-indberetning kan downloades [her.

Alle spørgsmål vedrørende denne fase af indsendelsen skal rettes til [email protected].

SRA: Indsend sekventeringsmetadata til SRA-kurator

Kontakt SRA-medarbejdere på [email protected] og angiv din undersøgelses accession (phs######) i emnelinjen (det vil hjælpe med at tildele dit spørgsmål til den rette person), og SRA vil give dig et regneark til sekventeringsmetadata, som du skal udfylde og returnere.

Kolonnen med prøver i regnearket med sekventeringsmetadata vil blive udfyldt på forhånd med dine dbGaP-identifikatorer (undersøgelsens accession og dbGaP’s prøve-id’er). Du skal udfylde regnearket med de nødvendige tekniske detaljer og navnene og MD5-kontrolsummerne på de sekvensfiler, du vil uploade

Bemærk venligst, at hver library_id skal være unik, at titlen skal gøre det muligt for brugerne at identificere og skelne dine sekvenser, og at designbeskrivelsen skal være en kort (1 til 3 sætninger) materiale- og metodebeskrivelse, der beskriver, hvordan biblioteket blev forberedt og sekventeret. Yderligere instruktioner og beskrivelser findes i regnearket. Angiv venligst designbeskrivelsen som tekst på én linje uden newlines eller specialtegn.

SRA: Overfør sekvensfiler til den beskyttede SRA-konto

En SRA-konservator vil hjælpe dig med at uploade dine filer, når dit regneark med sekventeringsmetadata er blevet udfyldt og returneret.

Upload kun datafilerne til den upload-konto, som du har fået tildelt, efter at du har udfyldt regnearket med metadata.

Du skal:

1. Generere et ssh-nøglepar.
2. Giv NCBI den offentlige nøglefil (f.eks. *.pub).
3. Brug ascp til at overføre filer.

Submittere skal bruge kommandolinjeprogrammet ascp fra Aspera til at overføre af datafiler. ascp er pakket med Aspera Connect, som er tilgængelig fra download-siden her: Aspera Connect Downloads.

Dette program er gratis at bruge for indsendere, der overfører data til og fra NCBI. Kontroller med dit lokale netværksteam for at sikre, at UDP-overførsel er aktiveret for følgende IP-område: 130.14.\*.\* og 165.112.\*.\*. Firewallen skal også tillade ssh-trafik udadgående til NCBI.

Aspera-nøglepar

Indsendere skal generere nøglepar for at kunne bruge Aspera-uploadkontoen (se nedenstående vejledning til oprettelse af et nøglepar på forskellige driftssystemer).

Send kun den offentlige nøgle til den SRA-konservator, der i øjeblikket hjælper med at få adgang til [email protected]-uploadkontoen.

Linux/Unix og OS X

Linux/Unix- og OS X-brugere kan bruge kommandolinjeværktøjet ssh-keygen.

Følgende kommandolinje opretter en privat nøgle (mykey) og en offentlig nøgle (mykey.pub) i den aktuelle arbejdskatalog:

PuTTYgen til Windows

Instruktioner til downloading og brug af PuTTYgen til generering af nøglepar findes i den mere detaljerede vejledning her: Aspera Keys.

Brug af Aspera-kommandolinjen

Når din nøgle er blevet tilføjet, og du har fået adgang, kan du uploade dine filer via ascp.

Eksempel på en ascpkommando til dbGaP-opload:

Hvor:

• <directory> er enten test eller protected.
• <key file> er en privat nøglefil (der skal bruges det fulde stinavn).

Sæt ikke indstillingen -T for beskyttede overførsler.

Bekræft modtagelse af data

Når alle filer og metadata er blevet uploadet, bedes du bekræfte over for din SRA-kurator, at SRA-delen af din dbGAP-indberetning er komplet. Kuratoren kan give en rapport over de filer, der blev indlæst. Der findes også en natlig rapport efter prøver på dbGaP-webstedet. Ændr accession phs000000 i nedenstående adresse til din undersøgelse for at få adgang til rapporten. For at få rapporten i XML-format ændres rettype=html til rettype=xml.