Massecytometri
Massecytometri, eller CyTOF (Fluidigm), er en variant af flowcytometri, hvor antistoffer er mærket med tungmetal-ion-tags i stedet for fluorochromer. Udlæsning sker ved time-of-flight-massespektrometri. Dette gør det muligt at kombinere mange flere antistofspecificiteter i en enkelt prøve uden væsentlig spild mellem kanalerne. Vi har standardiserede paneler til immunofænotyping, fænotyping+intracellulær cytokinfarvning (ICS) og fænotyping+phospho-CyTOF, hver med 30 til 38 antistoffer. Kontakt [email protected] for nærmere oplysninger.
Immunofænotyping: Vores CyTOF-immunofænotypingspanel med 33 antistoffer er designet til brug med kryokonserveret PBMC, men det kan dog tilpasses til andre prøvetyper. Et begrænset antal yderligere antistoffer kan tilføjes til åbne kanaler, afhængigt af tilgængelighed.
Intracellulære cytokiner: Vores CyTOF ICS-panel med 38 antistoffer er primært rettet mod dissektion af T-celleresponser. Begrænsede substitutioner er mulige (med almindelige substitutioner som anført). Phospho-CyTOF: Vores phospho-CyTOF-panel med 30 antistoffer kan anvendes sammen med de angivne stimuli til at aflæse en bred vifte af signalveje i mange forskellige celleundergrupper. Tilføjelser eller udskiftninger i dette panel er vanskeligere på grund af kravet om, at overflademarkørantistoffer skal fungere godt på faste epitoper. Se listen over standardantistoffer i disse tre CyTOF-paneler her. (revideret juni 2018) For et videointerview med Dr. Mike Leipold om CyTOF-eksperimentelle spørgsmål, se https://www.youtube.com/watch?v=UYYq9jh7FgQ.
Brugervejledning
1. Planlægning af dit assay: CyTOF-assays køres i batches på op til 12 prøver. Hvis du har flere prøver, skal du forsøge at randomisere dine batches, så f.eks. tilfælde og kontroller ikke er adskilt i separate batches. 2. Indsamling af dine prøver: Brug venligst en optimeret CRYOPRESERVATIONSPROTOKOL for levedygtige PBMC. Vi anbefaler at nedfryse 10^7 celler pr. kryoflaske og at levere en kryoflaske til hver af de ovennævnte analyser. PBMC-behandling og kryokonserveringstjenester er også tilgængelige gennem vores blodbehandlingsenhed. 3. Kørsel af dine prøver: Der kræves en onlinebestilling, før prøverne kan køres. Gennemløbstiden varierer afhængigt af størrelsen af dit projekt og den aktuelle arbejdsbyrde; mindre projekter kan normalt afsluttes inden for 3-4 uger efter ordreafgivelse og levering af prøver. 4. Dataanalyse: Vi leverer en standarddataanalyse ved hjælp af FlowJo-software. En Excel-rapport med procenter af alle gated-populationer samt pdf’er af gating-resultaterne og alle fcs-filer leveres via Google Drive. For standardpaneler uploades Excel-dataene samtidig til vores onlinedatabase, Stanford Data Miner, hvor de kan integreres med andre HIMC-data fra dit laboratorium samt kliniske/demografiske data, hvis de leveres. Klik på hjælpelinket i øverste venstre hjørne på Data Miner-hjemmesiden for at få vejledning i brugen af dette system.
Statistisk rådgivning er tilgængelig gennem HIMC Statistical Consulting Service.
Protokoller
Se venligst vores side om protokoller for detaljerede laboratorieprotokoller samt korte beskrivelser, der er velegnede til publikationer eller ansøgninger om tilskud.
Supplerende oplysninger:
- Mass Cytometry Review (Trends in Immunology)
- Analyse af CyTOF-data i FlowJo