Reneste rapporter viser, at bestanden af den cubanske krokodille viser tegn på genopretning; bestanden i Zapata-sumpen anslås at være på mellem 3.000 og 6.000 individer.
Der er to hovedtrusler: jagt og hybridisering, især med den amerikanske krokodille, som begrænser artens rene genpulje. Jagten er steget betydeligt fra 1990’erne til i dag og tjener hovedsagelig turistindustrien eller til lokalt forbrug. Hybridisering har længe været mistænkt, men er dårligt forstået. Nylige genetiske undersøgelser viser, at der finder omfattende hybridisering sted i naturen. Der findes en population i fangenskab i to områder (i Zapata Swamp og i Lanier Swamp), men der er stærk mistanke om hybriddyr også i disse populationer. Ingen af disse trusler er blevet løst.
Denne art er opført i bilag I i CITES. Der findes også direkte bevaringsforanstaltninger, herunder programmer for opdræt i fangenskab, genindførelse og beskyttede områder. Der forekommer fortsat ulovlig jagt; derfor er der behov for yderligere forvaltning af fangsten for at reducere den nuværende nedgang i bestanden.
Der er aktive foranstaltninger i gang for at sikre, at begge eksisterende bestande forbliver velbeskyttede, men en yderligere vigtig bevarelsesprioritet er etableringen af en alternativ vildbestand.