I 1831 ankom pater Patrick O’Kelly for at betjene de irske bosættere i Washtenaw-området. Den første messe i Ann Arbor blev holdt i et privat hjem den 12. juli 1835, og samme år begyndte bestræbelserne på at opføre en permanent kirke. Hans efterfølger, pater Thomas Cullen, købte en grund på East Kingsley Street nær Division Street i 1842, og den første kirke blev bygget på denne grund – den første murstenskirke i Ann Arbor. Den blev først indviet i 1845, da biskop Lefevre ikke indviede kirker, før de var gældfri.
Kirkens kirkegård på North Main Street blev erhvervet i 1843, men blev først indviet i 1878. I 1868 købte sognet en tidligere offentlig skole længere nede ad gaden og åbnede sin sogneskole, St. Thomas the Apostle School, som fejrede sit halvhundredeårs jubilæum i 2018.
Fr. Edward D. Kelly blev præst i 1891 og fandt den eksisterende kirke utilstrækkelig til sognets behov. Han begyndte i 1896 at indsamle midler til den nuværende kirke, som blev indviet i 1899 og stod færdig i 1905. Præstegården i gule mursten stod færdig i 1902, og et kloster for søstrene fra Marias ubesmittede hjerte på Elizabeth Street blev bygget i 1911. I årenes løb sponsorerede sognet det første hospital i Ann Arbor samt to andre katolske sogne.
I 1977 blev 9. til 12. klasse adskilt fra St. Thomas the Apostle School og blev til Father Gabriel Richard Catholic High School, en uafhængig institution, der flyttede til et nyt campus i 2003.