Apolinario Mabini wurde am 22. Juli 1864 in Talaga, Tanauan, Batangas, geboren. Seine Eltern gehörten zur verarmten Bauernschaft. Er studierte 1881 am Colegio de San Juan de Letran und an der Universität von Santo Thomas, wo er 1894 den Abschluss in Rechtswissenschaften erhielt. Während dieser Zeit verdiente er seinen Lebensunterhalt als Lateinlehrer und diente dann als Kopist am Gericht erster Instanz in Manila.
1896 erkrankte Mabini an einer Krankheit, wahrscheinlich einer Kinderlähmung, die ihn des Gebrauchs seiner Beine beraubte. Als Ende des Jahres der Katipunan-Aufstand ausbrach, verhafteten ihn die spanischen Behörden. Was viele nicht wussten: Mabini war bereits Mitglied der reformistischen Vereinigung von José Rizal, der Liga Filipina. Und obwohl er als pazifistischer Reformist dem bewaffneten Aufstand von Andres Bonifacio zunächst skeptisch gegenüberstand, war Mabini später von dem fast fanatischen Wunsch des Volkes nach Emanzipation überzeugt. In der Folge veröffentlichte er subversive Manifeste, in denen er alle Filipinos dazu aufrief, sich gegen Spanien zu vereinen.
Im Mai 1898 berief Emilio Aguinaldo Mabini zu seinem Berater. Mabini formulierte das berühmte Dekret vom 18. Juni, mit dem die lokale Regierung unter philippinischer Kontrolle neu organisiert wurde. Seine Politik während des gesamten Kampfes lässt sich mit einer Aussage in diesem Dekret zusammenfassen: „Die erste Pflicht der Regierung ist es, den Willen des Volkes getreu zu interpretieren. „Mabini war auch maßgeblich an der Überwachung der ordnungsgemäßen Rechtspflege, der Wahl der Delegierten für den Revolutionskongress und der Einrichtung des Mechanismus der revolutionären Regierung selbst beteiligt.
Als der Revolutionskongress am 15. September 1898 in Barasoain, Malolos, Bulacan, einberufen wurde, stellte sich Mabini gegen die Pläne der wohlhabenden Bourgeoisie, eine Verfassung auszuarbeiten. Er vertrat die Ansicht, dass der Kongress angesichts des Kriegsnotstands lediglich die Aufgabe habe, den Präsidenten zu beraten, und nicht, eine Verfassung auszuarbeiten. Mabini, der von der Mehrheit abgelehnt wurde, legte daraufhin seinen eigenen Verfassungsentwurf vor, der auf den Statuten der Weltfreimaurerei basierte. Er wurde zugunsten eines von Felipe G. Calderon vorgelegten zusammengesetzten Entwurfs abgelehnt, der zur Grundlage der Malolos-Verfassung der ersten philippinischen Republik wurde.
Mabinis Konflikt mit der Verschwörung der Grundeigentümer und der Grundbesitzerklasse im Kongress führte dazu, dass er 1899 als Aguinaldos vertrauter Berater – der einzige kompetente Denker und Theoretiker im Kabinett Aguinaldo – in den Hintergrund trat. Mabini gelang es, den bösartigen Opportunismus der Paterno-Buencamino-Clique zu entlarven, die versuchte, die Kontrolle über die Finanzgeschäfte der revolutionären Regierung zu erlangen und davon zu profitieren. Als das Aguinaldo-Lager vor den anrückenden amerikanischen Truppen floh, wurde Mabini am 10. Dezember 1899 gefangen genommen. Da er sich weiterhin weigerte, der US-Regierung den Treueeid zu leisten und die Aufständischen in ihrem ideologischen Kampf unterstützte, wurde er 1901 nach Guam deportiert. Er starb am 13. Mai 1903.
Mabinis Hauptwerk La Revolution Filipina, eine fundierte Analyse und überzeugende Argumentation zu den ideologischen Auswirkungen der Revolution gegen Spanien und des Widerstands gegen die amerikanischen Invasoren, offenbart den fortschrittlichen und demokratischen Impuls seines Denkens. Er war stets bemüht, zwischen dem Willen des Volkes und den Entscheidungen seiner Führer zu vermitteln. Er war ein selbstloser und engagierter Patriot.