Über die frühe Geschichte des Bullenbeissers ist nicht viel bekannt, aber die Rasse hatte eine sehr lange Geschichte in den Ländern des Heiligen Römischen Reiches, einer Ansammlung von Tausenden verschiedener politischer Körperschaften, die einst das ganze oder einen Teil des heutigen Belgiens, der Niederlande, Luxemburgs, Deutschlands, Frankreichs, Italiens, Sloweniens, Polens, Österreichs, der Schweiz und der Tschechischen Republik umfasste. Die Rasse wurde hauptsächlich von Deutschen, Niederländern, Flamen und Friesen gehalten, die sehr eng miteinander verwandte Sprachen sprechen und bis vor wenigen Jahrhunderten als ein Volk betrachtet wurden. Der Bullenbeisser war ursprünglich eine Art Mastiff, der aus Frankreich, Italien, England oder möglicherweise aus dem Römischen Reich, das ihnen vorausging, in den deutschsprachigen Raum eingeführt wurde. Obwohl jedes Mitglied der Familie anders ist, zeichnen sich die meisten Mastiffs durch eine große oder massive Größe, einen brachycephalen (eingedrückten) Kopf und einen starken Beschützerinstinkt aus. Es ist unklar, wann die Mastiffs zum ersten Mal in Deutschland eingeführt wurden, aber es war mit ziemlicher Sicherheit entweder in der spätrömischen Zeit oder im finsteren Mittelalter.
Anfänglich waren die deutschen Mastiffs mit anderen Hunden ihrer Art identisch. Im Laufe der Jahrhunderte unterschieden sie sich aufgrund unterschiedlicher lokaler Zuchtvorlieben. In den meisten westeuropäischen Ländern (mit den bemerkenswerten Ausnahmen der Gascogne und Neapel) wurden Mastiffs hauptsächlich als Kriegstiere und/oder zur Bewachung von Grundstücken eingesetzt. Diese Hunde wurden in der Regel ihr ganzes Leben lang oder zumindest tagsüber an eine Kette gebunden. Diese Tiere wurden monströs groß und ungeheuer stark, aber auch faul und unsportlich. Im Gegensatz dazu setzten die Deutschen ihre Doggen mit Vorliebe für die Jagd ein. Dies waren die einzigen Hunde, die die Kraft, Wildheit und Intelligenz besaßen, um die größten und gefährlichsten Beutetiere Europas zu jagen: Wildschwein, Bär und Wolf. Die deutschen Bauern entdeckten auch, dass diese Hunde sowohl schnell genug waren, um einen widerspenstigen Stier oder ein Schwein zu fangen, als auch kräftig genug, um es festzuhalten, bis sie es einfangen oder töten konnten. Infolge ihrer Verwendung für körperlich anspruchsvollere Zwecke wurden die deutschen Mastiffs weniger massig als ähnliche Rassen, aber athletischer, energischer, körperlich leistungsfähiger und triebhafter.
Irgendwann kreuzten deutsche Jäger ihre Mastiffs mit Windhunden, möglicherweise mit irischen Wolfshunden, die von den britischen Inseln importiert wurden. Der daraus entstandene Hund war ideal für die Wildschweinjagd geeignet, was ihm den Namen Boar Hound einbrachte. Besser bekannt als Doggen, Deutsch Dogge oder Deutsche Dogge, wurde der Wildschweinhund allmählich zu Deutschlands führender Großwildjägerrasse. Während der ältere, eher traditionell aussehende Mastiff weiterhin für die Jagd eingesetzt wurde, spezialisierte er sich mehr und mehr auf die Arbeit als Hofhund. Der Hund wurde auch häufig als Sporthund gegen Stiere oder Bären eingesetzt, was als Bullenhetzen bzw. Bärenhetzen bekannt ist. Schließlich wurde die ursprüngliche Form des Mastiffs noch kleiner und athletischer als zuvor. Diese Rasse wurde als Barenbeiszer oder Bullenbeisser (Bullenbijter auf Niederländisch) bekannt, was „Bärenbeißer“ und „Bullenbeißer“ bedeutet.
Das Heilige Römische Reich bestand während eines Großteils der Existenz des Bullenbeissers aus Hunderten unabhängiger Staaten, deren Größe von einer kleinen Stadt bis zur Nation Österreich reichte. Jeder dieser Staaten wurde auf unterschiedliche Weise regiert, einige waren demokratisch, andere waren Herzogtümer, und einige wurden sogar direkt von der römisch-katholischen Kirche kontrolliert. Unabhängig von der Art der Regierung hielten die herrschenden Klassen vieler dieser politischen Körperschaften Zwinger mit Bullenbeissern für die Jagd und den Kampf, und Bauern und Metzger im ganzen Reich taten dies ebenfalls, wenn auch meist für den Viehfang. Infolge dieser politischen und geografischen Aufteilung wurden viele verschiedene lokalisierte Versionen des Bullenbeissers entwickelt. Eine dieser Sorten war der Brabanter, benannt nach seinem Heimatland, dem Herzogtum Brabant, das zwischen dem heutigen Belgien und den Niederlanden liegt. Der Brabanter war den anderen Bullenbeissern sehr ähnlich, war aber wesentlich kleiner als die meisten anderen. Ab den späten 1500er Jahren wurden die niederländischen Provinzen zu einer bedeutenden Seemacht. Bullenbeißer begleiteten holländische Seeleute und Siedler in die ganze Welt. Im Jahr 1652 brachte Jan Van Riebeeck einen Bullenbijter mit, als er Kaapstad (Kapstadt) gründete, die erste dauerhafte europäische Siedlung im heutigen Südafrika. Danach wurden weitere Bullenbeißer in die Kapkolonie importiert, wo die Rasse einen großen Einfluss auf die Entwicklung des Rhodesian Ridgeback und des Boerboel hatte. Es wird allgemein angenommen, dass der Bullenbeisser und die Englische Bulldogge im Laufe der Geschichte gelegentlich gekreuzt wurden und sich gegenseitig in ihrer Entwicklung beeinflusst haben. Es scheint jedoch keine Beweise dafür zu geben.
Beginnend im frühen 15. Jahrhundert begannen in Europa große technologische und kulturelle Veränderungen. Die Zahl der Staaten im Heiligen Römischen Reich schrumpfte dramatisch, da größere Gemeinwesen kleinere zu verdrängen begannen. Die Größe des deutschen Adels schrumpfte, was bedeutete, dass immer weniger Menschen es sich leisten konnten, einen Zwinger mit Bullenbeissern zu halten. Gleichzeitig wuchs die deutsche Bevölkerung um ein Vielfaches. Dies führte zu einer stärkeren Verstädterung und zu einer erheblichen Verringerung der Flächen, auf denen Hochwild leben konnte. Die Kombination dieser Faktoren hätte viele Jagdrassen zum Aussterben gebracht. Der Bullenbeißer war jedoch für so viele Zwecke wertvoll, dass er weiter gezüchtet wurde. Da die Rasse hauptsächlich von Landwirten und Metzgern gehalten wurde, die es sich nicht leisten konnten, einen massiven Hund zu füttern, schrumpfte ihre Größe weiter. Die einzige Rettung für den Bullenbeißer in Bezug auf die zunehmende Verstädterung war, dass sie auch zu einer erhöhten Kriminalitätsrate führte, was wiederum eine erhöhte Nachfrage nach Wachhunden zur Folge hatte. Das Ergebnis war, dass immer mehr deutsche Stadtbewohner den Bullenbeisser zum Schutz von Personen und Eigentum hielten. Die Nachfrage nach kleineren, erschwinglicheren Schutzhunden führte dazu, dass der Brabanter immer beliebter wurde und allmählich die anderen Bullenbeisser-Varianten verdrängte.
Die stark gesunkenen Transportkosten ermöglichten es Deutschland, Hunde aus der ganzen Welt zu importieren. Der vielleicht beliebteste dieser Importe war die Englische Bulldogge, damals ein ganz anderes Tier, das der heutigen Amerikanischen Bulldogge ähnlicher war als der modernen englischen Rasse. Die geschmeidige, energische und im Kampf unbezwingbare Englische Bulldogge erfüllte ganz ähnliche Funktionen wie der Bullenbeißer, war aber kleiner, massiger und in einer größeren Farbvielfalt erhältlich. Um ihre Hunde zu verbessern, begannen viele Bullenbeisser-Züchter, ihre Hunde mit Englischen Bulldoggen zu kreuzen. Die Englische Bulldogge, die zuvor eine ausschließlich rehbraune oder gestromte Rasse mit oder ohne schwarze Abzeichen war, brachte dem Bullenbeisser ein weißes Fell ein. Wahrscheinlich wurden auch andere Rassen mit dem Bullenbeisser gekreuzt, wie der Bull Terrier, der English White Terrier und der Staffordshire Bull Terrier. Gleichzeitig hatte die Technologie begonnen, die traditionellen Funktionen des Bullenbeissers zu übernehmen, und neue Rassen wie der Deutsche Schäferhund übernahmen seine Rolle als Schutz- und Polizeihund. Gegen Ende des 19. Jahrhunderts wurde der traditionelle Bullenbeißer immer seltener und starb wahrscheinlich langsam aus.
In den späten 1800er Jahren wurden Hundeausstellungen zu einem immer beliebteren Zeitvertreib der europäischen Oberschicht. Dieser Boom fiel zusammen mit einer Flutwelle des deutschen Nationalismus, der durch die Vereinigung Deutschlands unter der Führung der preußischen Machthaber Otto von Bismarck und Kaiser Wilhelm I. ausgelöst wurde. Eine Reihe von Züchtern beschloss, den Bullenbeisser zu standardisieren und ihn im Idealfall in seine ursprüngliche Form vor der Einführung des englischen Bulldoggenblutes zurückzuführen. Diese Bemühungen konzentrierten sich auf München und führten zur Schaffung einer standardisierten Rasse, die als Boxer bekannt wurde. Die ersten Boxer waren wahrscheinlich zu etwa 50 % Bullenbeisser und zu 50 % Englische Bulldogge. Aus einer Reihe von Gründen bevorzugten die Züchter die Einführung von immer mehr Bullenbeisser-Blut. Viele der letzten Bullenbeisser wurden den Blutlinien des Boxers hinzugefügt, der schließlich zu etwa 70 % Bullenbeisser und 30 % Englische Bulldogge wurde. Die Verwendung von Bullenbeissern bei der Schaffung des Boxers bedeutete jedoch, dass weniger Bullenbeisser für die Zucht zur Verfügung standen. Der Boxer selbst wurde in Deutschland schnell so beliebt, dass er den alten Bullenbeisser vollständig verdrängte. Am Ende des Zweiten Weltkriegs war der Bullenbeisser als eigenständige Rasse vollständig ausgestorben, möglicherweise war er aber auch schon vor dem Ende des Ersten Weltkriegs praktisch ausgestorben.
In der heutigen Zeit haben einige behauptet, dass der einzig wahre Nachkomme des nun ausgestorbenen Bullenbeissers der American Pitbull Terrier (APT) ist; eine Theorie, die zumindest unausgegoren ist und durch die bekannte Geschichte des APT höchstens widerlegt wird. Es mag zwar eine Verbindung zwischen dem APT und dem alten Barenbeißer oder Bullenbeißer geben, aber diese Verbindung beruht ausschließlich auf der Theorie, dass sich der Bullenbeißer und die Englische Bulldogge im Laufe der Geschichte gelegentlich gekreuzt haben, was die Entwicklung des jeweils anderen beeinflusst hat. Es gibt jedoch keine Beweise dafür, und selbst wenn dies tatsächlich der Fall wäre, wäre die Verbindung zwischen der modernen APT und dem Bullenbeißer durch Kreuzungen zwischen der Englischen Bulldogge und Kampfterriern in den 1840er Jahren durch englische Hundekämpfer auf der Suche nach dem ultimativen Kampfhund bis zur Nichtexistenz verwässert worden; eine Kreuzung, die zur Geburt des ebenfalls inzwischen ausgestorbenen Bullen und Terriers (dem primären Vorfahren der modernen APT) führen würde.
Der Bull and Terrier, ein beliebter Kampfhund des 19. Jahrhunderts, spaltete sich um 1860 (nur zwei Jahrzehnte nach seiner Entstehung) in zwei Zweige auf: den rein weißen Bull Terrier und die farbigen Formen, die schließlich als legitime Hunderasse namens Staffordshire Bull Terrier anerkannt wurden. Der moderne Staffordshire Bull Terrier ist neben dem American Staffordshire Terrier und dem American Pit Bull Terrier eine von drei Rassen, die als Bully-Rasse eingestuft werden; eine Gruppe, die häufig unter dem Begriff Pit Bulls zusammengefasst wird. Die Verwandtschaft der drei Rassen ist sehr umstritten. Einige behaupten, es handele sich um völlig unterschiedliche Rassen, andere wiederum, es seien lediglich Varianten derselben Rasse. Unabhängig von ihrer Verwandtschaft und davon, ob sie eine große Ähnlichkeit mit dem alten Bullenbeisser haben oder nicht, sind sie eine ganz eigene genetische Gruppe und nicht die moderne Reinkarnation des Bullenbeissers.
Zu den anderen modernen Rassen, von denen man annimmt, dass sie entweder eine enge Verbindung zum Bullenbeisser haben oder ihn gut repräsentieren, gehören der bereits erwähnte Boxer, ein Mix aus 70 % Bullenbeisser und 30 % Englischer Bulldogge, die Deutsche Dogge, die etwa die Hälfte ihrer Abstammung auf diese Rasse zurückführen kann, sowie der Boerboel und der Rhodesian Ridgeback, die teilweise von Bullenbeissern abstammen, die mit holländischen Kolonisten nach Südafrika gebracht wurden. Der Banter Bulldoggeis, der in den 1990er Jahren von Todd Tripp aus Südost-Ohio gezüchtet wurde, wird allgemein als eine gute moderne Nachbildung des Bullenbeissers angesehen. Darüber hinaus sind viele Autoritäten auf dem Gebiet der Meinung, dass die gegenwärtige spanische Bulldogge (Alano Espanol) und der sehr ähnliche Dogo Argentino eine fast identische moderne Darstellung des Bullenbeissers darstellen, nicht nur im Aussehen, sondern auch im Gebrauch.