Nachdem er sich im Alter von 25 Jahren vom Rennsport zurückgezogen hatte, verpflichtete Horner Viktor Maslov und Marc Goossens für die FIA F3000-Saison 1999. Vor Beginn des Jahres kaufte die Prodrive-Organisation von Dave Richards im Auftrag des russischen Ölkonzerns Lukoil, dessen Chef Maslovs Vater war, eine 50-prozentige Beteiligung an Arden. Horner kaufte den Anteil von Prodrive an Arden nach einer Saison zurück. Darren Manning wurde als Ersatz für Goossens für die Saison 2000-2001 verpflichtet und erzielte eine Pole-Position und zwei Podiumsplätze.
Arden trat im Jahr 2000 auch in der italienischen F3000 an, gewann drei Rennen und wurde mit Warren Hughes Zweiter in der Meisterschaft.
Nach der Trennung von Lukoil wurde für 2002 eine neue Fahrerbesetzung rekrutiert, mit Tomáš Enge und Björn Wirdheim, die Manning und Maslov ersetzen sollten. Das Team holte fünf Siege (vier für Enge, einen für Wirdheim), und Enge gewann in diesem Jahr den Titel, wurde aber nach einem nicht bestandenen Drogentest auf den dritten Platz zurückgestuft, wodurch der Titel an Sébastien Bourdais ging. Arden gewann die Team-Meisterschaft.
Wirdheim blieb 2003, und Enge wurde durch Townsend Bell ersetzt. Björn Wirdheim gewann den Titel mit 35 Punkten Vorsprung auf den zweitplatzierten Ricardo Sperafico. Arden behielt die Team-Meisterschaft.
Die letzte Saison der F3000, 2004, wurde von Ardens Spitzenfahrer Vitantonio Liuzzi dominiert; die Unterstützung von Robert Doornbos trug dazu bei, dass sowohl der Fahrer- als auch der Konstrukteurstitel mit großem Vorsprung gewonnen wurden. Das Team gewann in diesem Jahr acht der zehn Meisterschaftsläufe, wobei Liuzzi sieben und Doornbos einen gewann. Liuzzi wurde von seinem Manager Helmut Marko in das Team geholt und von Red Bull gesponsert. Zu dieser Zeit hatte Horner sein Arden International Team auf dem Prodrive-Gelände in Banbury untergebracht, bevor er es in die nahe gelegene ehemalige 22 Motorsport-Anlage verlegte.
Zu diesem Zeitpunkt suchte Horner nach einer Möglichkeit, in die Formel 1 einzusteigen. Nachdem Gespräche mit Eddie Jordan über den Kauf von Jordan Grand Prix aufgrund von Unstimmigkeiten über die Kosten gescheitert waren, kaufte der österreichische Energy-Drink-Konzern Red Bull im November 2004 das Jaguar F1 Team, das zu Red Bull Racing wurde. Im Januar 2005 wurde Horner zum Leiter des Teams ernannt und war damit der jüngste Teamchef zu diesem Zeitpunkt. Obwohl er erst acht Wochen vor dem Großen Preis von Australien ernannt wurde, legte das Team unter seiner Leitung einen guten Start hin. Die Fahrer David Coulthard und Christian Klien belegten in Australien die Plätze vier und sieben und holten insgesamt 34 Punkte für das Team, verglichen mit den neun, die Jaguar im Jahr zuvor geholt hatte. Er spielte auch eine Schlüsselrolle bei der Einstellung von Adrian Newey, der im November 2005 als technischer Direktor des Teams bekannt gegeben wurde.
2006 war ein Übergangsjahr: Als Newey im Februar 2006 seine Arbeit bei Red Bull aufnahm, war das diesjährige Auto (der RB2) bereits entwickelt worden, und das Team wechselte von Cosworth- zu Ferrari-Kundenmotoren, die überhitzten und unzuverlässig waren. Dennoch holte das Team beim Großen Preis von Monaco seinen ersten Podiumsplatz, wobei Horner zur Feier des Tages nur mit einem Superman-Umhang bekleidet in einen Swimmingpool sprang.
2007 kam der RB3, das erste von Newey entworfene Auto des Teams, und die Ankunft von Mark Webber und Renault-Motoren, doch das Team litt weiterhin unter Zuverlässigkeitsproblemen, wobei das Auto 14 Ausfälle und einen einzigen Podiumsplatz zu verzeichnen hatte, während das Team im folgenden Jahr auf den siebten Platz in der Konstrukteursmeisterschaft zurückfiel.
Das Team beendete die Konstrukteursmeisterschaft 2009 auf einem starken zweiten Platz, wobei die Fahrer Sebastian Vettel und Mark Webber im Rennen um den Fahrertitel Zweiter bzw. Vierter wurden und zusammen sechs Siege einfuhren. Im Jahr 2010 gewann das Team seine erste Konstrukteursmeisterschaft mit einem Rennen Vorsprung, und Sebastian Vettel gewann beim letzten Rennen der Saison die Fahrermeisterschaft und wurde damit zum jüngsten Weltmeister. Mit 36 Jahren war Horner der jüngste Teamchef, der eine Konstrukteursmeisterschaft der Formel 1 gewann. Im Jahr 2011 gewann das Team drei Rennen vor Schluss seine zweite Konstrukteursmeisterschaft, und Sebastian Vettel wurde der jüngste Doppelweltmeister. Im Jahr 2012 gewann das Team seine dritte Konstrukteursmeisterschaft mit einem Rennen Vorsprung. Sebastian Vettel wurde der jüngste Dreifach-Weltmeister der Welt. 2013 gewann Red Bull Racing seine vierte F1-Konstrukteursmeisterschaft in Folge, während Sebastian Vettel seine vierte Fahrermeisterschaft gewann.