Als Folge dieses Sieges besiegte Sparta die Athener und versuchte so, sich ein eigenes Reich in der Ägäis zu schaffen. Ihre Beziehungen zu Persien verschlechterten sich, und sie begann, die Satrapien von Pharnabazus und Tissaphernes in Anatolien zu überfallen. 397 v. Chr. hatte Pharnabazos den persischen König Artaxerxes dazu überredet, den Krieg auf dem Seeweg fortzusetzen, und eine Flotte von 300 phönizischen und zyprischen Schiffen aufgestellt. Sie waren zahlenmäßig überwältigend, aber sie brauchten einen erfahrenen Befehlshaber, und so fanden sie Conon auf Zypern, der nur zu gern die Gelegenheit wahrnahm, sich an den Peloponnesiern zu rächen.
Zuerst zog Conon mit einem kleinen Teil der Flotte nach Karien, wo er eine Zeit lang blockiert wurde, dann aber von Pharnabazus und Tissaphernes gerettet wurde. Anschließend begab er sich nach Rhodos, wo die spartanische Oligarchie durch eine Demokratie ersetzt wurde, und es gelang ihm, die aus Ägypten heraufgeschickten Nahrungsmittellieferungen zu erbeuten. Daraufhin beschlossen die Spartaner, ihre Flotte auszusenden, machten aber den Fehler, sie dem unerfahrenen Peisander anzuvertrauen. Die Schlacht fand 394 v. Chr. bei Cnidus statt und war ein leichter und überwältigender Erfolg für die Perser. Die ägäischen Städte vertrieben die spartanischen Garnisonen und akzeptierten die persische Herrschaft.
Nach diesem Erfolg fühlte sich Conon sicher, nach Athen zurückzukehren. Pharnabazus erlaubte ihm, einen Teil der Flotte zu behalten, und stellte Geld für die Befestigung von Piräus und den Wiederaufbau der langen Mauern, die es mit Athen verbanden, zur Verfügung. Durch diese Maßnahmen wurden einige der wichtigsten Ergebnisse des Peloponnesischen Krieges zunichte gemacht – Athen erlangte seine Position als Großmacht in Griechenland zurück, und obwohl es sein Reich verloren hatte, war Sparta daran gehindert worden, es zu übernehmen.
Im nächsten Jahr hatten die Spartaner Verhandlungen mit den Persern aufgenommen und boten ihnen zur Sicherung ihrer Position in Griechenland an, ihnen alle Städte in Anatolien zu überlassen. Die Athener schickten Abgesandte (darunter Conon), um dies als unannehmbar zu verkünden, was Tiribazus dahingehend verstand, dass sie immer noch hofften, ihr Reich zurückzuerobern, und, empört über diese Kehrtwende, warf er sie ins Gefängnis, darunter auch Conon. Die antiken Schriftsteller berichten widersprüchlich über sein Ende: Einige behaupten, er sei ins Innere Asiens geschickt und dort hingerichtet worden; andere Berichte, die wahrscheinlich wahrscheinlicher sind, berichten, dass er sich nach Zypern zurückzog und dort starb. Sein Sohn Timotheus wurde später ein weiterer prominenter General.