Die morphologischen Unterschiede innerhalb der Art C. pepo sind so groß, dass ihre verschiedenen Unterarten und Kultivare fälschlicherweise als völlig getrennte Arten identifiziert wurden. Diese großen Unterschiede sind auf die weite geografische Verbreitung zurückzuführen. C. pepo ist eine der ältesten, wenn nicht sogar die älteste domestizierte Art. Die ältesten bekannten Standorte liegen in Südmexiko in Oaxaca vor 8.000-10.000 Jahren und in Ocampo, Tamaulipas, Mexiko, vor etwa 7.000 Jahren. Sein altes Verbreitungsgebiet erstreckte sich im Norden bis nach Texas und das große Mississippi-Tal hinauf bis nach Illinois und im Osten bis nach Florida und möglicherweise sogar bis nach Maine. Sie ist eine von mehreren Pflanzen, die im prähistorischen Nordamerika als Teil des östlichen Landwirtschaftskomplexes angebaut wurden. Es ist bekannt, dass sie in Missouri vor mindestens 4.000 Jahren auftauchte. Einige Sorten wachsen in trockenen Regionen, andere in feuchten Regionen.
Die Diskussionen über den Ursprung von C. pepo dauern seit mindestens 1857 an. Traditionell gibt es zwei gegensätzliche Theorien über den Ursprung: 1) C. pepo ist ein direkter Nachkomme von C. texana und 2) C. texana ist ein verwilderter C. pepo. Eine neuere Theorie besagt, dass C. pepo von C. fraterna abstammt und mit C. texana gekreuzt wurde, was zu zwei unterschiedlichen Domestizierungsereignissen in zwei verschiedenen Gebieten führte: eines in Mexiko und eines im Osten der Vereinigten Staaten, mit C. fraterna bzw. C. texana als Stammart. C. pepo ist möglicherweise in der Alten Welt aufgetreten, bevor sie von Mexiko nach Südamerika eingewandert ist.
Man findet sie vom Meeresspiegel bis knapp über 2.000 m. Die Blätter haben drei bis fünf Lappen und sind 20-35 cm breit. Alle Unterarten, Varietäten und Kultivare sind konspezifisch und interferentiell. Die zufällig verstärkte polymorphe DNA hat sich als nützlich erwiesen, um die Verwandtschaftsverhältnisse der C. pepo-Arten, -Sorten und -Kultivare zu klären, und es hat sich gezeigt, dass nur wenige, wenn überhaupt, moderne Kultivare von C. texana abstammen. Sie werden mit C. fraterna oder einem noch unbekannten Stammexemplar in Südmexiko in Verbindung gebracht.
Wildes C. pepo kommt noch in denselben Gebieten wie C. fraterna in Mexiko vor. Ihre Isoenzyme sind sehr ähnlich. C. pepo hat mehr Ähnlichkeiten mit C. fraterna als mit C. texana, die ebenfalls als Vorfahrin von C. pepo gilt. Alle untersuchten Allele von C. fraterna finden sich auch in C. pepo. Folglich ist C. fraterna der nächste Verwandte von C. pepo. C. pepo ist höchstwahrscheinlich eine frühe domestizierte Form von C. fraterna. Sie lässt sich sowohl mit C. pepo als auch mit C. texana gut kreuzen. Im Gegensatz zu den meisten wilden Cucurbita-Arten wurden von C. fraterna einige Früchte gefunden, die nicht bitter waren. Ihr üblicher Lebensraum sind trockene, buschige Hochlandgebiete. C. pepo könnte eine Kompilospezies von C. fraterna und C. texana sein, die zwei ursprünglich getrennte Arten zu sein scheinen. Ausgehend von der Analyse der genetischen Allele treten innerhalb von C. pepo zwei verschiedene Gruppen auf: Kürbis, Calabaza, Criolla und Kürbis gehören zu der einen Gruppe, während Zierkürbisse, Crookneck, Acorn, Scallop und einige andere zur zweiten Gruppe gehören. C. fraterna ist genetisch näher an der ersten Gruppe und C. texana näher an der zweiten. Die in Texas vorkommenden Zierkürbisse werden als var. texana und die außerhalb von Texas (Illinois, Missouri, Arkansas, Oklahoma und Louisiana) vorkommenden als var. ozarkana bezeichnet. In einer Studie von 1989 über den Ursprung und die Entwicklung von C. pepo schlug Paris vor, dass das ursprüngliche wilde Exemplar eine kleine runde Frucht war und dass der moderne Kürbis sein direkter Nachfahre ist. Er schlug auch vor, dass der Krummhals, der Zierkürbis und die Jakobsmuschel frühe Varianten sind, und dass die Eichel eine Kreuzung zwischen Jakobsmuschel und Kürbis ist.
Es wurden mehrere Taxa vorgeschlagen, aber bis 2012 wurde keines allgemein akzeptiert. Im Jahr 2002 waren die von Decker-Walters vorgeschlagenen Taxa:
- C. pepo subsp. pepo – kultivierte Kürbisse, Kürbisse, die orangefarbenen Kürbisse („Orange Ball“ und „Orange Warted“)
- C. pepo subsp. ovifera var. ovifera – kultivierte Crooknecks, Jakobsmuscheln, Eicheln, die meisten Zierkürbisse
- C. pepo subsp. ovifera var. ozarkana – wilde Populationen im Greater Mississippi Valley und Ozark Plateau
- C. pepo subsp. ovifera var. texana – Wildpopulationen in Texas
- C. pepo subsp. fraterna – Wildpopulationen im nordöstlichen Mexiko
Eine Studie aus dem Jahr 2003 erkannte drei Unterarten an:
- Cucurbita pepo subsp. fraterna
- Cucurbita pepo subsp. pepo
- Cucurbita pepo subsp. texana
Im Jahr 1986 schlug der Botaniker Paris eine Taxonomie von C. pepo vor, die aus acht essbaren Gruppen besteht, die auf ihrer Grundform basieren. Bis auf wenige Ausnahmen lassen sich alle C. pepo-Kultursorten diesen Gruppen zuordnen. Diese acht essbaren Kultursorten von C. pepo variieren stark in Form und Farbe, und eine ungenießbare Kultursorte:
| Kultivierungsgruppe | Botanischer Name | Bild | Beschreibung |
|---|---|---|---|
| Mais | C. pepo var. turbinata |
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Winterkürbis, sowohl eine strauchartige als auch eine kriechende Pflanze, verkehrt eiförmig oder kegelförmig, an der Spitze spitz und mit Längsrillen versehen, dadurch einem Kreisel ähnlich, z. B.: Eichelkürbis |
| Cocozelle | C. pepo var. ionga |
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Sommerkürbis, lange runde schlanke Frucht, die an der Spitze leicht knollig ist, ähnlich fastigata, ex: Cocozelle von tripolis |
| Crookneck | C. pepo var. torticollia |
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Sommerkürbis, strauchartige Pflanze, mit gelben, goldenen oder weißen Früchten, die am Ende lang und gebogen sind und im allgemeinen eine verrucose (warzenartige) Schale haben, z.B.: Gelber Krummhals-Kürbis |
| Kürbis | C. pepo var. pepo | 
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Winterkürbis, kriechende Pflanze, rund, abgeplattet oder oval und rund oder flach an den Enden, z.B.: Kürbis; schließt C. pepo subsp. pepo var. styriaca, verwendet für Steirisches Kürbiskernöl |
| Schalotten | C. pepo var. clypeata; von Linnaeus C. melopepo genannt |
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Sommerkürbis, bevorzugt halbstrauchigen Standort, abgeflacht oder leicht scheibenförmig, mit Wellen oder äquatorialen Rändern, ex: Pattypan-Kürbis |
| Straightneck | C. pepo var. recticollis |
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Sommerkürbis, buschige Pflanze, mit gelben oder goldenen Früchten und verruköser Schale, ähnlich var. torticollia, aber ein Stielende, das sich verengt, z.B.: Gelber Sommerkürbis |
| Gemüsekürbis | C. pepo var. fastigata |
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Sommer- und Winterkürbisse, kriechend und halbstrauchig, cremefarbene bis dunkelgrüne Farbe, kurze runde Früchte mit etwas breiter Spitze, z.B.: Spaghetti Squash (eine Wintersorte) |
| Zucchini (US) Courgette (UK, IE) |
C. pepo var. cylindrica |
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Sommerkürbis, derzeit die häufigste Sortengruppe, Ursprung ist jüngeren Datums (19. Jh.), halbstrauchige, zylindrische Früchte mit meist gleichem Durchmesser, ähnlich fastigata, ex: Zucchini |
| Zierkürbisse | C. pepo var. ovifera |
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nicht essbar, Feldkürbisse eng verwandt mit C. texana, rankend, dünne Stiele, kleine Blätter, drei Untergruppen: C. pepo var. ovifera (eiförmig, birnenförmig), C. pepo var. aurantia (orangefarben) und C. pepo var. verrucosa (runde warzige Kürbisse), in Texas vorkommende Zierkürbisse werden var. texana genannt, außerhalb von Texas (Illinois, Missouri, Arkansas, Oklahoma und Louisiana) vorkommende Zierkürbisse werden var. ozarkana genannt. |