Die Gründung des Systems
Die Vorfahren von Tokugawa Ieyasu, dem Gründer des Edo-Bakufu, waren die Matsudaira, eine Sengoku-Daimyo-Familie aus der Bergregion der Provinz Mikawa (in der heutigen Präfektur Aichi), die ihre Basis als Daimyo aufgebaut hatte, indem sie in die Ebenen von Mikawa vorstieß. Als sie jedoch von der mächtigen Familie Oda aus dem Westen angegriffen und besiegt wurden, wurde Ieyasus Vater Hirotada getötet. Ieyasu war zuvor als Geisel zur Familie Imagawa geschickt worden, um ein Bündnis zu schließen, wurde aber auf dem Weg dorthin von der Familie Oda gefangen genommen. Nach dem Tod seines Vaters wurde Ieyasu zur Imagawa-Familie geschickt und verbrachte dort 12 Jahre in Gefangenschaft. Als Oda Nobunaga 1560 die Imagawa-Familie in der Schlacht von Okehazama vernichtete und damit seinen Vereinigungskurs einleitete, wurde Ieyasu schließlich freigelassen. Ieyasu kehrte nach Okazaki in Mikawa zurück und brachte diese Provinz unter seine Kontrolle. Als Odas Verbündeter sicherte er die Nachhut für den Vormarsch auf Kyōto, und danach führte er seine eigenen Feldzüge durch, wobei er stetig nach Osten vordrang. Bis 1582 war er ein mächtiger Daimyo, der neben seiner Heimatprovinz Mikawa die vier Provinzen Suruga und Tōtōmi (moderne Präfektur Shizuoka), Kai (Präfektur Yamanashi) und das südliche Shinano (Präfektur Nagano) besaß.
Als Hideyoshi die Macht ergriff, widersetzte sich Ieyasu ihm zunächst. Doch dann fügte er sich, stieg zum mächtigsten Daimyo unter Hideyoshis Vasallen auf und wurde Chef der fünf tairō (Seniorminister), den höchsten Beamten des Hideyoshi-Regimes. Nach Hideyoshis Tod spalteten sich die Daimyo in diejenigen, die Hideyori unterstützten, und diejenigen, die auf der Seite von Ieyasu standen. Die Dinge spitzten sich in der Schlacht von Sekigahara im Jahr 1600 zu, in der Ieyasu einen entscheidenden Sieg errang und seine nationale Vorherrschaft festigte. Ieyasu hatte gesehen, dass es sowohl Nobunaga als auch Hideyoshi nicht gelungen war, ein dauerhaftes Regime zu errichten, und gründete 1603 das Bakufu von Edo (besser bekannt als Tokugawa-Shogunat), um diese Position zu legalisieren. Er nahm den Titel Shogun an und übte zu dieser Zeit eine strenge Kontrolle über die übrigen Daimyo aus. Unter dem Vorwand, nach Sekigahara Belohnungen zu verteilen, enteignete, verkleinerte oder versetzte er eine große Anzahl von Daimyo, die sich ihm widersetzten. Die konfiszierten Ländereien gab er entweder an Verwandte und Gefolgsleute der Tokugawa-Familie, um sie als Daimyo zu etablieren und ihren Besitz zu vergrößern, oder er behielt sie als Domänen des Hauses Tokugawa vor. Darüber hinaus wurde Hideyoshis Sohn und Erbe Hideyori auf die Position eines Daimyo des Bezirks Kinki (Ōsaka-Gebiet) reduziert. Zwei Jahre nach der Gründung des Bakufu gab Ieyasu das Amt des Shogun an seinen Sohn Hidetada ab und zog sich nach Sumpu (der heutigen Stadt Shizuoka) zurück, um sich der Stärkung der Grundlagen des Bakufu zu widmen. 1615 stürmte und eroberte Ieyasu die Burg Ōsaka und vernichtete Hideyori und die Familie Toyotomi. Unmittelbar danach wurden die Gesetze für die Militärhäuser (Buke Shohatto) und die Gesetze für die kaiserlichen und höfischen Beamten (Kinchū Narabi ni Kuge Shohatto) als Rechtsgrundlage für die Kontrolle der Daimyo und des kaiserlichen Hofes durch das Bakufu verkündet. 1616 starb Ieyasu, die Nachfolge war bereits geregelt.
Unter dem zweiten und dritten Shogun, Hidetada und seinem Nachfolger Iemitsu, wurde die bakufu-Kontrollpolitik weiter vorangetrieben, bis das bakuhan-System – das Regierungssystem des Tokugawa-Shogunats; wörtlich eine Kombination aus bakufu und han (die Domäne eines Daimyo) – seine Vollendung fand. Durch die Umstrukturierungen in den Jahren 1633-42 war die Exekutive der bakufu-Regierung mit den Ämtern der Oberräte (rōjū), der Unterräte (wakadoshiyori) und der drei Kommissare (bugyō) für die Tempel und Schreine des Landes, die Hauptstadt des Shogun und die Schatzkammer des bakufu fast vollständig. Beschlagnahmungen und Verkleinerungen von Domänen wurden fortgesetzt, und es fanden auch umfangreiche Transfers von Daimyo statt, wobei die strategisch wichtigen Bezirke Kantō, Kinki und Tōkaidō unter den Daimyo verteilt wurden, die mit dem bakufu verwandt waren und zu ihm hielten, um so die „äußeren“ (tozama) Fürsten in Schach zu halten. Mit der Neuordnung der Daimyo wurden auch die Ländereien, die unter der direkten Kontrolle des Bakufu standen, an wichtigen Punkten des Landes vergrößert. Die wichtigsten Städte – Kyōto, Ōsaka und Nagasaki – und Bergwerke (vor allem die Insel Sado) wurden ebenfalls unter direkte Bakufu-Verwaltung gestellt und zur Kontrolle von Handel, Industrie und Gewerbe genutzt.
Das Bakufu überarbeitete auch die Gesetze für die Militärhäuser und führte ein System namens sankin kōtai (alternative Anwesenheit) ein, nach dem die Daimyo alle zwei Jahre zu einem zeremoniellen Besuch nach Edo kommen mussten, während ihre Frauen und Kinder dauerhaft als Geiseln in Edo wohnten. Dieses System zwang die Daimyo – insbesondere die potenziell gefährlichen Tozama, die am weitesten entfernt lebten – dazu, große Geldsummen auszugeben, um zwei getrennte Verwaltungsstrukturen und Reisen nach und aus Edo zu unterhalten. Außerdem waren die Daimyo gezwungen, sich an öffentlichen Arbeiten wie dem Bau von Schlössern in den Bakufu-Domänen zu beteiligen, wodurch sie in finanziellen Schwierigkeiten blieben. Die Tokugawa-Bakufu-Domänen umfassten nun mehr als sieben Millionen Koku – etwa ein Viertel des gesamten Landes. Von diesen Ländereien standen mehr als vier Millionen Koku unter der direkten Kontrolle des Bakufu, und drei Millionen Koku waren unter den Hatamoto und Gokenin, den Lehnsleuten des Bakufu, verteilt. Da das Bakufu ein Monopol auf den Außenhandel ausübte und allein das Recht hatte, Geld auszugeben, verfügte es zudem über wesentlich größere finanzielle Ressourcen als die Daimyo. Auch militärisch war sie weitaus mächtiger als jeder einzelne Daimyo.
Im Gleichschritt mit der strukturellen Organisation der bakufu als oberster Macht nahm auch die Domänenverwaltung (hansei) der Daimyo immer mehr Gestalt an. Die Beziehung zwischen dem Shogun und dem Daimyo war die eines Herrn und eines Vasallen, basierend auf dem feudalen chigyō-System. Theoretisch gehörte das Land dem Shogun, der es als besondere Gunst unter den Fürsten aufteilte, oder go-on. Um in den Rang eines Daimyo aufzusteigen, musste ein Krieger Ländereien mit einem Ertrag von mindestens 10.000 koku kontrollieren. Im Gegenzug war der Daimyo verpflichtet, dem Shogun militärische und andere Dienste zu leisten. Genau dieselbe Verbindung bestand zwischen den Domänenherren und ihren Gefolgsleuten; und damit die Daimyo ihre Herrschaft konzentrieren und festigen konnten, war es notwendig, dass sie diese Verbindung festigten. Um das traditionelle Recht ihrer Vasallen auf chigyō oder Subdomänen einzuschränken, belohnten die Daimyo sie stattdessen mit Reisstipendien (kuramai) und erhöhten so ihre Abhängigkeit vom Daimyo. Gleichzeitig vergrößerte diese Politik die Ländereien, die unter der direkten Kontrolle des Daimyo standen, und stärkte so die wirtschaftliche Basis der Domäne. So wendeten die Daimyo gegenüber ihren eigenen Vasallen dieselben Methoden an, die das Bakufu zu deren Kontrolle einsetzte. Auf diese Weise wurde mit dem kokudaka-System ein hierarchisches, „feudales“ Regime etabliert, das sich vom Shogun über die Daimyo bis hin zu ihren Gefolgsleuten erstreckte.
Die Kontrolle über die Landbevölkerung wurde nun weiter verstärkt. Die Taikō-Landvermessung hatte die Rechte der Bauern als eigentliche Bewirtschafter des Landes anerkannt und sie für die Steuern verantwortlich gemacht. Die Landvermessungen des Bakufu und der Daimyo waren sehr viel detaillierter und präziser, da es ihnen darum ging, den größtmöglichen Steuerertrag zu erzielen. Die Tokugawa-Dörfer unterschieden sich somit von den Dörfern der vorangegangenen Epochen, die von lokalen Grundherren, den myōshu, kontrolliert worden waren. Die Tokugawa-Dörfer bestanden aus einem Kern von Kleinbauern, im Allgemeinen hyakushō genannt. Da die Dörfer nun Verwaltungseinheiten des neuen Regimes waren, wurde ein dreistufiges System von Dorfbeamten eingerichtet – nanushi (oder shōya), kumigashira und hyakushōdai -, um die Aufgaben des Regimes zu erfüllen. Die Einwohner der Städte und Dörfer im ganzen Land wurden verpflichtet, gonin-gumi („Fünf-Haushalte-Gruppen“) oder Nachbarschaftsvereinigungen zu bilden, um die gemeinsame Verantwortung für die Steuerzahlung zu fördern, Verstöße gegen die Gesetze ihrer Oberherren zu verhindern, sich gegenseitig zu unterstützen und sich gegenseitig zu überwachen. Die wirtschaftliche Kontrolle der Bauern wurde weiter verstärkt. Es war ihnen strengstens untersagt, ihr Land zu kaufen, zu verkaufen oder aufzugeben oder ihren Beruf zu wechseln; auch für ihre Kleidung, ihre Ernährung und ihre Unterbringung wurden strenge Beschränkungen festgelegt. Die Keian no Ofuregaki („Proklamationen der Keian-Ära“), die 1649 vom Bakufu verkündet wurden, waren ein Kompendium der Bakufu-Politik zur Kontrolle der ländlichen Verwaltung.