Nach jüngsten Berichten gibt es Anzeichen für eine Erholung der Populationszahlen des kubanischen Krokodils; die Population im Zapata-Sumpf wird auf 3.000 bis 6.000 Individuen geschätzt.
Es gibt zwei Hauptbedrohungen: die Jagd und die Hybridisierung, insbesondere mit dem amerikanischen Krokodil, die den reinen Genpool dieser Art einschränkt. Die Jagd hat von den 1990er Jahren bis heute stark zugenommen und dient hauptsächlich dem Tourismus oder dem lokalen Verbrauch. Hybridisierung wird seit langem vermutet, ist aber nur unzureichend erforscht. Jüngste genetische Studien belegen, dass in freier Wildbahn eine umfangreiche Hybridisierung stattfindet. Eine in Gefangenschaft lebende Population gibt es in zwei Gebieten (im Zapata-Sumpf und im Lanier-Sumpf), aber auch in diesen Populationen besteht der dringende Verdacht auf Hybridtiere. Keine dieser Bedrohungen konnte bisher beseitigt werden.
Diese Art ist in Anhang I von CITES aufgeführt. Es gibt auch direkte Schutzmaßnahmen, darunter Zuchtprogramme in Gefangenschaft, Wiederansiedlungen und Schutzgebiete. Es wird weiterhin illegal gejagt; daher ist ein weiteres Erntemanagement erforderlich, um den gegenwärtigen Rückgang der Populationen zu verringern.
Es sind aktive Maßnahmen im Gange, um sicherzustellen, dass beide bestehenden Populationen gut geschützt bleiben, aber eine weitere wichtige Erhaltungspriorität ist die Schaffung einer alternativen Wildpopulation.