Brothers hat vorgeschlagen, dass die Amygdala ein wichtiger Bestandteil des neuronalen Netzes ist, das der sozialen Kognition zugrunde liegt. Und Bauman und Kemper beobachteten Anzeichen von Neuropathologie in der Amygdala des postmortalen autistischen Gehirns. Diese Befunde haben Baron-Cohen und Kollegen zusätzlich zu den jüngsten Daten aus der funktionellen Neurobildgebung zu der Annahme veranlasst, dass eine Funktionsstörung der Amygdala zum Teil für die Beeinträchtigung des sozialen Funktionierens verantwortlich sein könnte, die ein charakteristisches Merkmal des Autismus ist. Jüngste Daten aus Studien unseres Labors über die Auswirkungen von Amygdala-Läsionen beim Makaken-Affen stehen im Widerspruch zu einer grundlegenden Rolle der Amygdala im Sozialverhalten. Wenn die Amygdala für ein normales Sozialverhalten nicht wesentlich ist, was sowohl bei nichtmenschlichen Primaten als auch bei ausgewählten Patienten mit bilateraler Amygdala-Schädigung der Fall zu sein scheint, dann ist es unwahrscheinlich, dass sie das Substrat für das abnorme Sozialverhalten des Autismus ist. Eine Schädigung der Amygdala wirkt sich jedoch auf die Reaktion von Affen auf normalerweise angstauslösende Reize, wie z. B. Schlangen, aus und hebt die natürliche Abneigung gegen neue Artgenossen in sozialen Interaktionen auf. Diese Ergebnisse lassen den Schluss zu, dass die Amygdala eine wichtige Rolle bei der Erkennung von Bedrohungen und der Mobilisierung einer angemessenen Verhaltensreaktion spielt, zu der auch die Angst gehört. Wenn die Amygdala bei Menschen mit Autismus pathologisch ist, könnte sie eher zu ihren abnormalen Ängsten und erhöhter Unruhe als zu ihrem abnormalen Sozialverhalten beitragen.