Die Kaimaneidechse ist ähnlich gebaut wie ihr Cousin, der Tegu, mit einem großen, schwerfälligen Körper und kurzen, aber kräftigen Gliedmaßen. Ihr Kopf ist klobig und oft rot oder orange gefärbt. Ihre Kiefer sind sehr muskulös, um ihre übliche Beute – Schnecken, Langusten und Süßwassermuscheln – besser fressen zu können. Er hat auch einige Anpassungen, die ihm in seinem wasserreichen Lebensraum helfen. Er hat einen langen, seitlich abgeflachten Schwanz, ähnlich wie sein Namensvetter, der Yacare-Kaiman. Der lange Schwanz hilft der Kaimanechse, erfolgreich zu schwimmen und zu tauchen. Er hat auch ein durchsichtiges drittes Augenlid, von dem man annimmt, dass es unter Wasser wie eine Brille wirkt.
Die Färbung der Nördlichen Kaimaneidechse (Dracaena guianensis) ist der eines Krokodils sehr ähnlich. Sie ist typischerweise hellgrün mit einer leichten dunkelgrünen Bänderung. Die paraguayische Kaimaneidechse (Dracaena paraguayensis) ist in der Regel viel grauer, mit grauem Körper und Kopf. Entlang des Rückens befinden sich harte, erhabene Schuppen. Diese verleihen der Kaimaneidechse ein krokodilartiges Aussehen und bieten ihr einen gewissen Schutz vor Raubtieren. Diese Eidechsen können bis zu 1,2 m lang werden und bis zu 4,5 kg wiegen.