Seit etwa 1850 zeigt die kambodschanische Flagge in der Mitte eine Darstellung von Angkor Wat. Die derzeitige Flagge mit einem blauen Bonsai stammt aus dem Jahr 1948. Sie wurde bis zum 9. Oktober 1970 verwendet, als eine neue Flagge für die Khmer-Republik von Lon Nol eingeführt wurde, die bis zur Machtübernahme durch die Roten Khmer im Jahr 1975 Bestand hatte. Der nachfolgende Staat Demokratisches Kampuchea, der von 1975 bis 1979 existierte, verwendete ab 1976 eine rote Flagge mit dem Motiv des dreitürmigen Angkor Wat in Gelb. Die Volksrepublik Kambodscha wurde 1979 nach der vietnamesischen Invasion in Kambodscha gegründet.
Die kambodschanische Nationale Einheitsfront für die nationale Rettung (FUNSK) nahm die von den Khmer Issarak in den Tagen des antifranzösischen Widerstands angenommene Flagge für den neuen Staat wieder auf. Diese Flagge hatte dasselbe Farbmuster wie die DK-Flagge, jedoch mit der gelben Silhouette des fünftürmigen Angkor Wat. Als sich die PRK 1989 in „Staat Kambodscha“ (SOC) umbenannte, wurde die untere Hälfte der Flagge blau. Die UNTAC-Flagge wurde während der Übergangszeit 1992-1993 zusammen mit der Flagge des SOC innerhalb Kambodschas verwendet.
1993 wurde die kambodschanische Flagge von 1948 wieder eingeführt. Die aktuelle kambodschanische Flagge ist zusammen mit den Flaggen von Afghanistan, Bolivien, Portugal, San Marino und Spanien die einzige der sechs Staatsflaggen, die ein Gebäude enthält. Rot und Blau sind die traditionellen Farben Kambodschas.
Die heute verwendete Flagge ist die gleiche wie die von 1948, obwohl die ältere Flagge manchmal einen roten Umriss für Angkor Wat verwendet haben soll, während die aktuelle Flagge speziell schwarz ist. Seit dieser Zeit wurden fünf weitere Entwürfe verwendet. Bei fast allen wurde das Bild des Tempels von Angkor Wat in der einen oder anderen Form verwendet. Diese berühmte Tempelanlage aus dem 12. Jahrhundert wurde von den Mahidharapura-Königen erbaut. Sie hat fünf Türme, die jedoch nicht immer alle in der stilisierten Version auf den Flaggen abgebildet waren. Die Monarchie wurde im September 1993 wiederhergestellt, und die Flagge von 1948 wurde im Juni desselben Jahres wieder eingeführt.