Giovanni Alfonso Borelli, ursprünglicher Name Giovanni Francesco Antonio Alonso, (geb. 28. Jan. 1608, Neapel, Königreich Neapel -gest. 31. Dez. 31. Dezember 1679 in Rom), italienischer Physiologe und Physiker, der als erster die Muskelbewegung und andere Körperfunktionen nach den Gesetzen der Statik und Dynamik erklärte.
Er wurde 1649 zum Professor für Mathematik in Messina und 1656 in Pisa ernannt. 1667 kehrte er nach Messina zurück und ging 1674 nach Rom, wo er unter dem Schutz von Christina, der ehemaligen Königin von Schweden, lebte. Sein bekanntestes Werk ist De Motu Animalium (1680-81; „Über die Bewegung der Tiere“), in dem er versuchte, die Bewegungen des tierischen Körpers auf mechanischen Prinzipien zu erklären; er gilt damit als Begründer der iatrophysikalischen Schule.
Borelli schrieb auch viele astronomische Werke, darunter 1666 eine Abhandlung über den Einfluss der Anziehung auf die Satelliten des Jupiter. In einem Brief, der 1665 unter dem Pseudonym Pier Maria Mutoli veröffentlicht wurde, schlug er als erster die Idee vor, dass sich Kometen auf einer parabolischen Bahn bewegen.