Amtszeit: 1654-1672
Wie sein Vorgänger geriet Charles Chauncy (1592-1672) wegen seiner religiösen Überzeugungen in Schwierigkeiten. Chauncys Probleme gingen jedoch seiner Ankunft in der Neuen Welt voraus und trugen wahrscheinlich sogar zu seiner Entscheidung bei, 1638 auszuwandern. Chauncy neigte dazu, über Kleinigkeiten zu streiten, und hatte sogar eine kurze Gefängnisstrafe verbüßt, die ihm wegen „seines zarten Gewissens in Sachen Zeremonien“ auferlegt worden war. (Samuel Eliot Morison)
Trotz solcher Episoden der Nonkonformität verfolgte Präsident Chauncy weiterhin den von Henry Dunster vorgezeichneten Weg. Chauncys Einstellung umfasste sowohl religiöse Orthodoxie als auch wissenschaftliche Neugier. Einerseits verlangte er von den Studenten die Einhaltung eines strengen Programms religiöser Andachten. (Wie Morison bemerkt: „Es ist anzunehmen, dass keine Generation von Harvard-Studenten so viele Predigten gehört hat wie die Schüler von Präsident Chauncy“). Andererseits unterstützte er Galileis moderne astronomische Sichtweise, und das College erhielt sein erstes Teleskop kurz vor seinem Tod im Amt. Viele betrachten Chauncy als den führenden Gelehrten im Neuengland seiner Zeit und vielleicht als den gelehrtesten aller Harvard-Präsidenten der Kolonialzeit. Arabisch war nur eine von mehreren Fremdsprachen, die er beherrschte.
Während der Chauncy-Jahre blühte die erste Universitätspresse Amerikas im Yard auf und produzierte Materialien sowohl in englischer Sprache als auch in den Sprachen der Einheimischen. (Nicht alle derartigen Aktivitäten fanden jenseits des Flusses in Boston Anklang: 1662 erließ der Great and General Court als Reaktion auf nicht näher bezeichnete Bände aus der Harvard-Druckerei das erste Gesetz über die Buchzensur in der Bay Colony.) Die vielleicht bemerkenswerteste Veröffentlichung war die 1.200 Seiten starke Indianerbibel (1663), die von John Eliot ins Algonquianische übersetzt wurde. Die Indianerbibel – die erste in Nordamerika gedruckte Bibel – blieb fast zwei Jahrhunderte lang in Gebrauch. Aus dieser Zeit stammt auch der erste indianische Absolvent von Harvard: Caleb Cheeshahteaumauk, Jahrgang 1665.
Ein ständiges Ärgernis war Chauncys Jahresgehalt von 100 Pfund, das zum großen Teil in Waren bezahlt wurde. Das war mehr als Dunsters Gehalt (durchschnittlich 55 Pfund pro Jahr), aber kaum genug für Chauncys Frau, acht Kinder (Chauncys sechs Söhne machten ihren Abschluss in Harvard: zwei im Jahr 1651, einer im Jahr 1657 und drei im Jahr 1661) und drei Diener. Trotz verschiedener Appelle an die koloniale Legislative in Boston gelang es Chauncy nie, eine Gehaltserhöhung durchzusetzen.
Chauncy starb im Amt am 29. Februar 1672 (= 19. Februar 1671 nach dem damals von den englischen Kolonisten verwendeten julianischen Kalender).