Im Jahr 1831 kam Pater Patrick O’Kelly nach Ann Arbor, um irische Siedler in der Region Washtenaw zu betreuen. Die erste Messe in Ann Arbor wurde am 12. Juli 1835 in einem Privathaus abgehalten, und noch im selben Jahr begannen die Bemühungen um den Bau einer dauerhaften Kirche. Sein Nachfolger, Pater Thomas Cullen, erwarb 1842 ein Grundstück an der East Kingsley Street in der Nähe der Division Street, auf dem die erste Kirche gebaut wurde – die erste Backsteinkirche in Ann Arbor. Sie wurde erst 1845 eingeweiht, da Bischof Lefevre Kirchen erst einweihte, wenn sie schuldenfrei waren.
Der Kirchenfriedhof an der North Main Street wurde 1843 erworben, aber erst 1878 eingeweiht. Im Jahr 1868 erwarb die Gemeinde eine ehemalige öffentliche Schule in der Straße und eröffnete ihre eigene Schule, die St. Thomas the Apostle School, die 2018 ihr hundertjähriges Bestehen feierte.
Fr. Edward D. Kelly wurde 1891 Pfarrer und stellte fest, dass die bestehende Kirche den Bedürfnissen der Gemeinde nicht genügte. Er begann 1896 mit der Beschaffung von Mitteln für den Bau der heutigen Kirche, die 1899 eingeweiht und 1905 fertiggestellt wurde. Das gelbe Backsteinpfarramt wurde 1902 fertiggestellt und ein Kloster für die Schwestern vom Unbefleckten Herzen Mariens in der Elizabeth Street im Jahr 1911. Im Laufe der Jahre unterstützte die Gemeinde das erste Krankenhaus in Ann Arbor sowie zwei weitere katholische Pfarreien.
Im Jahr 1977 wurden die Klassen 9 bis 12 von der St. Thomas the Apostle School abgetrennt und in die Father Gabriel Richard Catholic High School umgewandelt, eine unabhängige Einrichtung, die 2003 auf einen neuen Campus umzog.