Die ältesten bekannten Formen der Isolation sind jene, die im Pentateuch (Bibel) vor über 3400 Jahren erwähnt werden, insbesondere im Fall von Lepra. Hippokrates und Galen rieten im 5. Jahrhundert v. Chr. zu „Cito, Longe, Tarde“, was soviel bedeutet wie „gehe schnell, gehe weit weg und kehre spät zurück“.
Ab dem 13. und 14. Jahrhundert nahmen die Formen der Isolation zu. Nach dem mosaischen Gesetz, das im Alten Testament verankert ist, wurden infizierte Personen getrennt, um die Ausbreitung von Krankheiten unter den alten Israeliten zu verhindern.
Venedig war führend bei den sanitären Maßnahmen zur Bekämpfung der Ausbreitung der Pest und ernannte in den ersten Jahren des Schwarzen Todes (1348) drei Gesundheitsaufseher. Das Wort „Quarantäne“ stammt von dem italienischen Ausdruck „quaranta giorni“, was „vierzig Tage“ bedeutet. Die Verwendung bei Schiffen war ausschlaggebend für die Namensgebung, auch wenn sie nicht wissenschaftlich begründet ist. Bei den meisten Krankheiten beträgt die Inkubationszeit weniger als vierzig Tage, mit wenigen Ausnahmen wie infektiösem Pfeifferschem Drüsenfieber oder Kuru.
In der heutigen Zeit war die Angst vor einer Kontamination bei der Rückkehr vom Mond (einer interplanetaren Kontamination) der Hauptgrund für die Quarantäneverfahren, die für das erste Apollo-Missionsprogramm eingeführt wurden. Astronauten und Mondproben wurden im Lunar Receiving Laboratory unter Quarantäne gestellt. Auch für Proben von einer zukünftigen Mars-Rückkehrmission gibt es ein Quarantäneprotokoll für jede Probe vom Mars, das in einem Biosicherheitslabor der Stufe 4, der Mars Sample Return Receiving Facility (MSRRF), durchgeführt würde.