SRA

Einreichungsdetails

Registrieren Sie eine Studie und Probanden bei dbGaP

Einen interaktiven Überblick über die dbGaP-Einreichung finden Sie hier.

Das dbGaP-Einreichungsdokumentationspaket können Sie [hier herunterladen.

Alle Fragen zu dieser Phase der Einreichung sollten an [email protected] gerichtet werden.

SRA: Sequenzierungs-Metadaten an SRA-Kurator übermitteln

Kontaktieren Sie die SRA-Mitarbeiter unter [email protected] und geben Sie die Akzession Ihrer Studie (phs######) in der Betreffzeile an (dies hilft, Ihr Anliegen der richtigen Person zuzuordnen). Die SRA wird Ihnen ein Tabellenblatt mit Sequenzierungs-Metadaten zur Verfügung stellen, das Sie ausfüllen und zurücksenden müssen.

Die Probenspalte des Tabellenblatts für Sequenzierungsmetadaten ist bereits mit Ihren dbGaP-Identifikatoren ausgefüllt (die Zugangsnummer der Studie und die Proben-IDs des dbGaP). Sie müssen das Arbeitsblatt mit den erforderlichen technischen Details sowie den Namen und MD5-Prüfsummen der hochzuladenden Sequenzdateien ausfüllen

Bitte beachten Sie, dass jede library_id eindeutig sein muss, dass der Titel es den Nutzern ermöglichen sollte, Ihre Sequenzen zu identifizieren und zu unterscheiden, und dass die Beschreibung des Designs ein kurzer (1 bis 3 Sätze) Material- und Methodenteil sein sollte, der beschreibt, wie die Bibliothek vorbereitet und sequenziert wurde. Weitere Anweisungen und Beschreibungen finden Sie in der Tabelle. Bitte geben Sie die Designbeschreibung als einzeiligen Text ohne Zeilenumbrüche oder Sonderzeichen an.

SRA: Übertragen Sie die Sequenzdateien auf das geschützte SRA-Konto

Ein SRA-Kurator wird Ihnen beim Hochladen der Dateien behilflich sein, sobald Ihr Sequenzierungs-Metadatenblatt ausgefüllt und zurückgeschickt wurde.

Laden Sie die Datendateien nur auf das Upload-Konto hoch, das Ihnen nach dem Ausfüllen des Metadatenblattes mitgeteilt wurde.

Sie müssen:

1. ein ssh-Schlüsselpaar erzeugen.
2. die öffentliche Schlüsseldatei (z. B. *.pub) dem NCBI zur Verfügung stellen.
3. zur Übertragung der Dateien ascpverwenden.

Die Einsender müssen das Befehlszeilenprogramm ascp von Aspera zur Übertragung der Datendateien verwenden. ascp ist im Lieferumfang von Aspera Connect enthalten, das auf der Download-Seite hier zur Verfügung steht: Aspera Connect Downloads.

Dieses Programm ist für Einsender, die Daten zum und vom NCBI übertragen, kostenlos. Erkundigen Sie sich bei Ihrem lokalen Netzwerkteam, um sicherzustellen, dass die UDP-Übertragung für den folgenden IP-Bereich aktiviert ist: 130.14.\*.\* und 165.112.\*.\*. Die Firewall muss auch ssh-Verkehr nach NCBI zulassen.

Aspera-Schlüsselpaare

Die Einreicher müssen Schlüsselpaare generieren, um das Aspera-Upload-Konto zu verwenden (siehe Anweisungen unten zur Erstellung eines Schlüsselpaars auf verschiedenen Betriebssystemen).

Senden Sie nur den öffentlichen Schlüssel an den SRA-Kurator, der derzeit den Zugang zum [email protected]-Upload-Konto unterstützt.

Linux/Unix und OS X

Linux/Unix- und OS X-Benutzer können das Kommandozeilenprogramm ssh-keygen verwenden.

Die folgende Befehlszeile erzeugt einen privaten Schlüssel (mykey) und einen öffentlichen Schlüssel (mykey.pub) im aktuellen Arbeitsverzeichnis:

PuTTYgen für Windows

Anleitungen zum Herunterladen und zur Verwendung von PuTTYgen für die Erzeugung von Schlüsselpaaren finden sich in der ausführlicheren Anleitung hier: Aspera Keys.

Aspera-Befehlszeilennutzung

Nachdem Ihr Schlüssel hinzugefügt wurde und Sie Zugang erhalten haben, können Sie Ihre Dateien über ascp hochladen.

Ein beispielhafter ascpBefehl für dbGaP-Uploads:

Wo:

• <directory> entweder test oder protected ist.
• <key file> ist eine private Schlüsseldatei (der vollständige Pfadname muss verwendet werden).

Setzen Sie die Option -T nicht für geschützte Übertragungen.

Bestätigen Sie den Datenempfang

Wenn alle Dateien und Metadaten hochgeladen wurden, bestätigen Sie bitte mit Ihrem SRA-Kurator, dass der SRA-Teil Ihrer dbGAP-Einreichung vollständig ist. Der Kurator kann einen Bericht über die geladenen Dateien erstellen. Auf der dbGaP-Website ist auch ein nächtlicher Bericht nach Proben verfügbar. Ändern Sie den Zugang phs000000 in der unten stehenden Adresse in Ihre Studie für den Bericht. Für den Bericht im XML-Format ändern Sie rettype=html in rettype=xml.