Paton el activista
El reformatorio de Diepkloof, a las afueras de Johannesburgo, había sido administrado como una prisión para jóvenes delincuentes de los barrios bajos en lugar de una institución para su rehabilitación. Paton insistió en que esto desvirtuaba el propósito del reformatorio. Introdujo reformas que permitieron a algunos jóvenes recuperar su autoestima. Su concesión de permisos de fin de semana fue considerada revolucionaria. Para sorpresa de algunos de sus colegas, la mayoría de los chicos regresaron al final de su permiso.
Paton comenzó a escribir Cry, The Beloved Country en 1947 mientras recorría prisiones y reformatorios estadounidenses y europeos. En 1948 se publicó Cry, The Beloved Country, convirtiéndose en un éxito inmediato. Al mismo tiempo, el partido nacionalista predominantemente afrikáner volvía al poder bajo el lema del apartheid: los blancos debían seguir siendo los dueños de Sudáfrica. Para Paton y los que compartían su opinión, no bastaba con que los liberales blancos predicaran la conciliación racial; tenían que implicarse activamente en la oposición al apartheid. A principios de la década de 1950 participó en la formación de la Asociación Liberal, que más tarde se convirtió en el Partido Liberal de Sudáfrica (SALP). Fue elegido su presidente en 1953 y permaneció en este cargo hasta que el gobierno promulgó una ley que ilegalizaba el partido.
El SALP acogía en sus filas a sudafricanos de todas las razas y pretendía establecer una sociedad abierta en la que el mérito fijara la posición del individuo en la vida de la nación. Abogaba por la no violencia y se proponía colaborar con las organizaciones políticas de los negros africanos. Como la mayoría de los líderes del SALP, Paton fue criticado amargamente en la prensa afrikáans por identificarse con los negros africanos. El temor subyacente era que él y sus colegas estaban creando polarizaciones potencialmente peligrosas en la comunidad blanca.
El partido, sin embargo, ganó un importante número de seguidores tanto entre los negros como entre los blancos. En 1960 el gobierno decidió tomar medidas contra él. Peter Brown y Elliot Mngadi, presidente nacional y secretario de Natal respectivamente del SALP, fueron prohibidos. Algunos de los líderes del partido huyeron del país, mientras que otros, como Hyacinth Bhengu y Jordan K. Ngubane, fueron detenidos y juzgados por cargos de conspiración. Paton se libró de las detenciones y las prohibiciones. Sin embargo, el gobierno le confiscó el pasaporte a su regreso de Nueva York, después de haber aceptado el premio Freedom House en honor a su oposición al racismo. Al cabo de algo menos de diez años, el gobierno le devolvió el pasaporte a Paton. Esto le permitió emprender una gira mundial (1971) durante la cual fue colmado de honores en América y Europa.