Apolinario Mabini nació en Talaga, Tanauan, Batangas, el 22 de julio de 1864. Sus padres pertenecían al campesinado empobrecido. Estudió en el Colegio de San Juan de Letrán en 1881 y en la Universidad de Santo Tomás, donde se licenció en Derecho en 1894. Durante este tiempo se ganó la vida enseñando latín y luego sirviendo como copista en el Tribunal de Primera Instancia de Manila.
En 1896 Mabini contrajo una enfermedad, probablemente parálisis infantil, que le privó del uso de las piernas. Cuando estalló la revuelta Katipunan a finales de ese año, las autoridades españolas lo arrestaron. Sin que muchos lo supieran, Mabini ya era miembro de la asociación reformista de José Rizal, la Liga Filipina. Y aunque, como reformista pacifista, al principio se mostró escéptico ante el levantamiento armado de Andrés Bonifacio, Mabini se convenció más tarde del deseo casi fanático de emancipación del pueblo. Posteriormente, elaboró manifiestos subversivos apelando a todos los filipinos para que se unieran contra España.
En mayo de 1898, Emilio Aguinaldo convocó a Mabini para que actuara como su asesor. Mabini formuló el famoso decreto del 18 de junio, que reorganizaba el gobierno local bajo control filipino. Su política a lo largo de la lucha puede resumirse en una declaración de ese decreto: «El primer deber del gobierno es interpretar fielmente la voluntad popular. » Mabini también fue decisivo en la supervisión de la correcta administración de justicia, la elección de los delegados al congreso revolucionario y el establecimiento del mecanismo del propio gobierno revolucionario.
Cuando se convocó el congreso revolucionario en Barasoain, Malolos, Bulacan, el 15 de septiembre de 1898, Mabini se opuso a los planes de la burguesía rica de redactar una constitución. Creía que, dadas las condiciones de emergencia de la guerra, la función del congreso era simplemente asesorar al presidente y no redactar una constitución. Derrotado por la mayoría, Mabini presentó entonces su propio plan constitucional, basado en los Estatutos de la Masonería Universal. Fue rechazado en favor de un proyecto compuesto presentado por Felipe G. Calderón, que se convirtió en la base de la Constitución de Malolos de la primera República Filipina.
El conflicto de Mabini con la conspiración de los propietarios y la clase terrateniente en el congreso condujo a su eclipse en 1899 como asesor de confianza de Aguinaldo, el único pensador y teórico competente en el Gabinete de Aguinaldo. Mabini consiguió desenmascarar el vicioso oportunismo de la camarilla Paterno-Buencamino, que intentaba hacerse con el control y el beneficio de las transacciones financieras del gobierno revolucionario. Cuando el bando de Aguinaldo huyó del avance de las fuerzas estadounidenses, Mabini fue capturado el 10 de diciembre de 1899. Al negarse a jurar lealtad al gobierno estadounidense y seguir apoyando a los insurgentes en su lucha ideológica, fue deportado a Guam en 1901. Murió el 13 de mayo de 1903.
La principal obra de Mabini, La Revolution Filipina, un análisis razonado y un argumento convincente sobre las implicaciones ideológicas de la revolución contra España y la resistencia a los invasores estadounidenses, revela el impulso progresista y democrático de su pensamiento. Siempre intentó mediar entre la voluntad del pueblo y las decisiones de sus dirigentes. Fue un patriota abnegado y entregado.