Aunque se ha avanzado considerablemente en la elucidación de las relaciones dentro de los Chondrichthyes, no hay acuerdo en lo que respecta a la sistemática de Batoidea, el superorden más derivado entre los peces cartilaginosos, y existen muchas interpretaciones diferentes. Nuestra investigación proporciona la primera evaluación de las relaciones entre las especies de batoideos descritas utilizando secuencias de ADNmt y genes nucleares, así como la morfología cariológica. Nuestro trabajo consiste principalmente en reconstruir las relaciones filogenéticas de Batoidea examinando las secuencias del ADNmt (16S) y del gen nuclear (18S) de 11 especies de batoideos. Los tres métodos analíticos (NJ, MP y análisis bayesiano) agruparon a Rajiformes, Myliobatiformes y Rhinobatiformes. En estos árboles los dos torpedos divergen de los demás peces batoideos. También comparamos los datos moleculares con las pruebas cariológicas disponibles, que consisten en el número diploide y la morfología del cariotipo de ocho especies pertenecientes a los cuatro órdenes examinados. Los resultados muestran que la estructura cariológica en las diferentes especies es generalmente consistente con los diversos árboles filogenéticos, y que los Torpediniformes confirman su organización genómica única.