Desde aproximadamente 1850, la bandera de Camboya presenta una representación de Angkor Wat en el centro. La bandera actual, con un bonce azul en 1948. Se utilizó hasta el 9 de octubre de 1970, cuando se introdujo una nueva bandera para la República Jemer de Lon Nol, que duró hasta la toma del poder de los jemeres rojos en 1975. El posterior Estado de Kampuchea Democrática, que existió de 1975 a 1979, utilizó una bandera roja con un diseño de tres torres de Angkor Wat conservado en amarillo a partir de 1976. La República Popular de Kampuchea se estableció en 1979, tras la invasión vietnamita de Camboya.
El Frente Nacional Unido de Kampuchea para la Salvación Nacional (FUNSK) revivió la bandera adoptada por el Khmer Issarak en los días de la resistencia antifrancesa para el nuevo estado. Esta bandera tenía el mismo patrón de colores que la de DK, pero con una silueta amarilla de cinco torres de Angkor Wat. Cuando la RPK se rebautizó como «Estado de Camboya» (SOC) en 1989, la mitad inferior de la bandera pasó a ser azul. La bandera de la UNTAC se utilizó durante el periodo de transición de 1992-1993 junto con la bandera del SOC dentro de Camboya.
En 1993, se volvió a adoptar la bandera camboyana de 1948. La actual bandera de Camboya, junto con las banderas de Afganistán, Bolivia, Portugal, San Marino y España, son las únicas seis banderas de Estado que presentan un edificio. El rojo y el azul son los colores tradicionales de Camboya.
La bandera que se utiliza en la actualidad es la misma que se estableció en 1948, aunque a veces se dice que la bandera más antigua utilizaba un contorno rojo para Angkor Wat, mientras que la actual utiliza específicamente el negro. Desde entonces, se han utilizado otros cinco diseños intermedios. Casi todos han utilizado la imagen del templo de Angkor Wat de una forma u otra. Este famoso templo, que data del siglo XII, fue construido por los monarcas de Mahidharapura. Tiene cinco torres, pero no siempre se representaron todas en la versión estilizada que se utiliza en las banderas. La monarquía fue restaurada en septiembre de 1993, habiéndose readoptado la bandera de 1948 en junio de ese año.