No se sabe mucho con certeza sobre la historia temprana del Bullenbeisser, pero la raza tuvo una historia muy larga en las tierras del Sacro Imperio Romano, un conglomerado de miles de cuerpos políticos diferentes, que una vez cubrió todo o parte de la actual Bélgica, los Países Bajos, Luxemburgo, Alemania, Francia, Italia, Eslovenia, Polonia, Austria, Suiza y la República Checa. La raza era mantenida principalmente por los alemanes, holandeses, flamencos y frisones, hablantes de lenguas muy próximas que hasta hace pocos siglos se consideraban un solo pueblo. El Bullenbeisser era originalmente un tipo de mastín, introducido en las tierras de habla alemana desde Francia, Italia, Inglaterra o posiblemente el Imperio Romano que los precedió. Aunque cada miembro de la familia es diferente, la mayoría de los Mastines se caracterizan por un tamaño grande o masivo, una cabeza braquicéfala (empujada hacia dentro) y un fuerte instinto de protección. No está claro cuándo se introdujeron por primera vez los Mastines en Alemania, pero es casi seguro que fue durante el período romano tardío o la Edad Media.
Inicialmente, los Mastines alemanes eran idénticos a otros perros de su tipo. A lo largo de los siglos, se diferenciaron como resultado de las diferentes preferencias locales de cría. En la mayor parte de Europa Occidental (con las notables excepciones de Gascuña y Nápoles) los Mastines se utilizaban principalmente como bestias de guerra y/o guardianes de la propiedad. Estos perros solían estar atados a una cadena durante toda su vida, o al menos durante los días. Estas bestias adquirían un tamaño monstruoso y eran inmensamente poderosas, pero también se volvían perezosas y poco atléticas. Por el contrario, los alemanes preferían utilizar sus mastines para la caza. Eran los únicos perros que poseían la potencia, la ferocidad y la inteligencia necesarias para cazar las presas más grandes y peligrosas de Europa: el jabalí, el oso y el lobo. Los granjeros alemanes también descubrieron que estos perros eran lo suficientemente rápidos para atrapar a un toro o cerdo recalcitrante y lo suficientemente poderosos para mantenerlo en su sitio hasta que pudieran capturarlo o matarlo. Como resultado de su uso para fines más exigentes físicamente, los mastines alemanes se volvieron menos voluminosos que otras razas similares, pero más atléticos, enérgicos, físicamente capaces y con mayor empuje.
En algún momento, los cazadores alemanes cruzaron sus mastines con lebreles, posiblemente lebreles irlandeses importados de las Islas Británicas. El perro resultante era ideal para la caza del jabalí, lo que le valió el nombre de Sabueso del Jabalí. Más conocido como Doggen, Deutsch Dogge o Gran Danés, el sabueso del jabalí se convirtió gradualmente en la principal raza de caza mayor de Alemania. Aunque el Mastín, más antiguo y de aspecto más tradicional, siguió utilizándose para la caza, se especializó más como perro de trabajo en las granjas. El perro también solía enfrentarse a toros u osos por deporte, competiciones conocidas como bull-baiting y bear-baiting respectivamente. Con el tiempo, la forma original del Mastín se hizo aún más pequeña y más atlética de lo que había sido anteriormente. Esta raza pasó a ser conocida como Barenbeiszer o Bullenbeisser (Bullenbijter en holandés), que significa «mordedor de osos» y «mordedor de toros».
Durante gran parte de la existencia del Bullenbeisser, el Sacro Imperio Romano Germánico estaba compuesto por cientos de estados independientes, cuyo tamaño iba desde un pequeño pueblo hasta la nación de Austria. Cada uno de estos estados estaba gobernado de manera diferente, algunos eran democráticos, otros eran ducados, y algunos incluso estaban controlados directamente por la Iglesia Católica Romana. Independientemente del tipo, las clases dirigentes de muchos de estos cuerpos políticos mantenían perreras de Bullenbeissers para la caza y el combate, y los granjeros y carniceros de todo el Imperio también lo hacían aunque normalmente para la captura de ganado. Como resultado de esta división política y geográfica, se desarrollaron muchas versiones localizadas diferentes de Bullenbeisser. Una de estas variedades era la Brabanter, llamada así por su tierra natal, el Ducado de Brabante, dividido entre la actual Bélgica y los Países Bajos. La Brabanter era muy similar a otras Bullenbeisser, pero era considerablemente más pequeña que la mayoría de las demás. A partir de finales del siglo XVI, las provincias holandesas se convirtieron en una gran potencia marítima. Los Bullenbeissers acompañaron a los marineros y colonos holandeses por todo el mundo. En 1652, Jan Van Riebeeck llevó un Bullenbijter cuando fundó Kaapstad (Ciudad del Cabo), el primer asentamiento europeo permanente en la actual Sudáfrica. Posteriormente, se importaron otros Bullenbeissers a la Colonia del Cabo, donde la raza tuvo un gran impacto en el desarrollo del Rhodesian Ridgeback y el Boerboel. Se cree que el Bullenbeisser y el Bulldog Inglés se han cruzado ocasionalmente a lo largo de la historia y han influido en el desarrollo del otro. Sin embargo, no parece haber ninguna prueba que apoye esto.
A partir de principios del siglo XV, empezaron a llegar a Europa importantes cambios tecnológicos y culturales. El número de estados del Sacro Imperio Romano Germánico se redujo drásticamente, ya que los estados más grandes empezaron a consumir a los más pequeños. El tamaño de la nobleza alemana se redujo, lo que significó que cada vez menos personas podían permitirse mantener un criadero de Bullenbeissers. Al mismo tiempo, la población alemana se multiplicó varias veces. Esto dio lugar a una mayor urbanización y a un número considerablemente menor de terrenos capaces de albergar caza mayor. La combinación de estos factores habría provocado la extinción de muchas razas de caza. Sin embargo, el Bullenbeisser era tan valioso para muchos fines que se siguió criando. Principalmente por parte de agricultores y carniceros que no podían permitirse el lujo de alimentar a un perro enorme, la raza continuó reduciendo su tamaño físico. La única salvación para el Bullenbeisser en lo que respecta a la mayor urbanización fue que también condujo a un aumento de los índices de criminalidad, lo que a su vez condujo a una mayor demanda de perros guardianes. El resultado final fue que un número cada vez mayor de habitantes de las ciudades alemanas comenzó a tener el Bullenbeisser para la protección personal y de la propiedad. La demanda de perros de protección más pequeños y asequibles significó que el Brabanter se hizo cada vez más popular, y gradualmente comenzó a reemplazar otras variedades de Bullenbeisser.
La gran reducción de los costos de envío significó que Alemania pudo importar perros de todo el mundo. Quizás el más popular de estas importaciones fue el Bulldog Inglés, en aquel momento un animal muy diferente, más parecido al Bulldog Americano de hoy en día que a la raza inglesa moderna. Liviano, enérgico e indomable en el combate, el Bulldog Inglés cumplía funciones muy similares a las del Bullenbeisser, pero era más pequeño, más voluminoso y venía en una mayor variedad de colores. Para mejorar sus perros, muchos criadores de Bullenbeisser empezaron a cruzar sus perros con Bulldogs ingleses. El Bulldog Inglés, que antes era una raza exclusivamente leonada o atigrada con o sin marcas negras, introdujo el pelaje blanco en el Bullenbeisser. También es probable que se cruzaran otras razas con el Bullenbeisser, como el Bull Terrier, el English White Terrier y el Staffordshire Bull Terrier. Al mismo tiempo, la tecnología había empezado a quitarle al Bullenbeisser sus funciones tradicionales, y nuevas razas, como el perro pastor alemán, asumían sus funciones como perro de protección y policía. A finales del siglo XIX, el Bullenbeisser tradicional era cada vez más raro y probablemente se estaba extinguiendo lentamente.
Durante los últimos años del siglo XIX, las exposiciones caninas se estaban convirtiendo en un pasatiempo cada vez más popular entre las clases altas europeas. Este auge coincidió con una oleada de nacionalismo alemán inspirada por la unificación de Alemania liderada por los hombres fuertes prusianos Otto Von Bismarck y el Kaiser Wilhelm I. Había un deseo en toda Alemania de estandarizar las razas autóctonas. Varios aficionados decidieron estandarizar el Bullenbeisser, e idealmente devolverlo a su forma ancestral antes de la introducción de la sangre del Bulldog Inglés. Estos esfuerzos se centraron en Múnich, y dieron como resultado la creación de una raza estandarizada conocida como Boxer. Los primeros Boxer eran probablemente un 50% de Bullenbeisser y un 50% de Bulldog Inglés. Por una serie de razones, los criadores favorecieron la introducción de cantidades crecientes de sangre Bullenbeisser. Muchos de los últimos Bullenbeissers se añadieron a las líneas de sangre del Boxer, que finalmente se convirtió en un 70% de Bullenbeisser y un 30% de Bulldog Inglés. Sin embargo, el uso de Bullenbeissers en la creación del Boxer significó que había menos disponibles para la cría de Bullenbeissers. El Boxer se hizo rápidamente tan popular en toda Alemania que sustituyó por completo al antiguo Bullenbeisser. Al final de la Segunda Guerra Mundial, el Bullenbeisser se había extinguido por completo como raza independiente, pero es posible que estuviera prácticamente extinguido antes del final de la Primera Guerra Mundial.
En la actualidad, algunos han postulado que el único descendiente verdadero del Bullenbeisser, ahora extinto, es el American Pitbull Terrier (APT); una teoría que es, como mínimo, inculta y, como máximo, refutada por la historia conocida del APT. Aunque puede haber una conexión entre el APT y el antiguo Barenbeiszer o Bullenbeisser (que significan, respectivamente, «mordedor de osos» y «mordedor de toros»), esta conexión se basa únicamente en la teoría de que el Bullenbeisser y el Bulldog Inglés se cruzaron ocasionalmente a lo largo de la historia influyendo en el desarrollo del otro. Sin embargo, no hay pruebas que apoyen esto, e incluso si este fuera de hecho el caso, la conexión entre el APT moderno y el Bullenbeisser se habría diluido hasta el punto de no existir por los cruces entre el Bulldog Inglés y los Terriers de pelea durante la década de 1840 por los luchadores de perros ingleses en su búsqueda para crear el perro de pelea definitivo; un cruce que daría lugar al nacimiento del también ahora extinto Bull y Terrier (el ancestro primario del APT moderno).
Un popular perro de pelea del siglo XIX, la raza Bull and Terrier comenzaría en 1860 (sólo dos décadas después de su creación) a dividirse en dos ramas, el Bull Terrier blanco puro y las formas de color que eventualmente serían reconocidas como una raza canina legítima llamada Staffordshire Bull Terrier. El Staffordshire Bull Terrier moderno es una de las tres razas, junto con el American Staffordshire Terrier y el American Pit Bull Terrier, que se clasifican como razas de bueyes; un grupo que a menudo se denomina colectivamente Pit Bulls. Hay un gran debate sobre la relación de las tres razas, ya que algunos dicen que son razas completamente separadas, y otros dicen que son simplemente variedades de la misma raza. Cualquiera que sea su relación, y si tienen o no un gran parecido con el antiguo Bullenbeisser, son un grupo genético distinto por sí mismos y no la reencarnación moderna del Bullenbeisser.
Otras razas modernas que se cree que tienen una estrecha conexión con el Bullenbeisser o que son una buena representación del mismo son el ya mencionado Boxer, una mezcla de Bullenbeisser en un 70% y Bulldog Inglés en un 30%; el Gran Danés, que puede rastrear aproximadamente la mitad de su ascendencia a esa raza, y el Boerboel y el Rhodesian Ridgeback, que descienden parcialmente de Bullenbeisers llevados a Sudáfrica con los colonos holandeses. El Banter Bulldoggeis creado en la década de 1990 por Todd Tripp, del sureste de Ohio, también se cita comúnmente como una buena recreación moderna del Bullenbeisser. Además, muchas autoridades en la materia consideran que el actual Bulldog Español (Alano Español) y el muy similar Dogo Argentino proporcionan una representación moderna casi idéntica del Bullenbeisser, no sólo en apariencia sino también en uso.