Especialmente durante las guerras y otras épocas de conflicto, grupos relativamente pequeños de personas han vivido temporalmente en cuevas, donde se han escondido o han buscado refugio de otro modo. También han utilizado las cuevas para fines clandestinos y otros fines especiales mientras vivían en otros lugares.
Tal vez huyendo de la violencia de los antiguos romanos, la gente dejó los Rollos del Mar Muerto en once cuevas cerca de Qumrán, en lo que ahora es una zona de Cisjordania gestionada por el Parque Nacional de Qumrán de Israel. Los documentos permanecieron intactos allí durante aproximadamente 2.000 años, hasta su descubrimiento en las décadas de 1940 y 1950.
Las Cavernas de DeSoto, en lo que se convirtió en Alabama en Estados Unidos, fueron un lugar de enterramiento para las tribus locales; las mismas cuevas se convirtieron en un violento bar clandestino en la década de 1920. Las Cuevas de San Luis pueden haber sido un escondite a lo largo del Ferrocarril Subterráneo.
Desde el año 1000 hasta el 1300 aproximadamente, algunos pueblos vivieron en aldeas que construyeron bajo acantilados en lo que hoy es el suroeste de Estados Unidos.
En su libro Home Life in Colonial Days, Alice Morse Earle escribió que algunos de los primeros colonos europeos de Nueva Inglaterra, Nueva York y Pensilvania vivían en cuevas, también conocidas como «casas humeantes»:
En Pensilvania las cuevas fueron utilizadas por los recién llegados como hogares durante mucho tiempo, ciertamente medio siglo. Generalmente se formaban cavando en el suelo a unos cuatro pies de profundidad en las orillas o en los acantilados bajos cerca del frente del río. Las paredes se construían con tepes o tierra colocada sobre palos o matorrales; así, sólo la mitad de la cámara estaba realmente bajo tierra. Si se excavaba en una colina lateral, la tierra formaba al menos dos paredes. Los techos estaban formados por capas de ramas de árboles cubiertas con tepes o cortezas, o juncos y cortezas. Las chimeneas se colocaban con adoquines o palos de madera unidos con arcilla y hierba. Los colonos estaban agradecidos incluso por estos pobres refugios, y declararon que los encontraban cómodos. En 1685, muchas familias seguían viviendo en cuevas en Pensilvania, ya que el Consejo del Gobernador ordenó entonces que las cuevas fueran destruidas y rellenadas.
En la década de 1970, varios miembros de los Tasaday aparentemente habitaban cuevas cerca de Cotabato, en Filipinas.
Las cuevas del Sacromonte, cerca de Granada, España, son el hogar de unos 3.000 gitanos, cuyas viviendas van desde habitaciones individuales hasta cuevas de casi 200 habitaciones, junto con iglesias, escuelas y tiendas en las cuevas.
Algunas familias han construido casas modernas (o renovado las más antiguas) en cuevas, como en Missouri; Matera, Italia; y España.
Al menos 30.000.000 de personas en China viven en casas cueva, llamadas yaodongs; como son cálidas en invierno y frescas en verano, algunas personas encuentran las cuevas más deseables que las casas de hormigón en la ciudad.
En las ciudades mineras australianas de Coober Pedy y Lightning Ridge, muchas familias han excavado casas en las minas subterráneas de ópalo, para escapar del ardiente calor del desierto.
En el Valle del Loira, las cuevas abandonadas están siendo renovadas de forma privada como viviendas asequibles.
En el Reino Unido, las casas de roca de Kinver Edge estuvieron habitadas hasta mediados del siglo XX.