Después de retirarse del pilotaje de competición a la edad de 25 años, Horner fichó a Viktor Maslov y Marc Goossens para la temporada 1999 del FIA F3000. Antes de comenzar ese año, la organización Prodrive de Dave Richards compró una participación del 50% en Arden en nombre de la compañía petrolera rusa Lukoil, cuyo jefe era el padre de Maslov. Horner recompró la participación de Prodrive en Arden después de una temporada. Darren Manning fue contratado para sustituir a Goossens en la temporada 2000-2001, consiguiendo una pole y dos podios.
Arden también compitió en la F3000 italiana en 2000, ganando tres carreras y terminando segundo en el Campeonato con Warren Hughes.
Después de separarse de Lukoil, se contrató una nueva alineación de pilotos para 2002, con Tomáš Enge y Björn Wirdheim, que fueron traídos para sustituir a Manning y Maslov. El equipo consiguió cinco victorias (cuatro para Enge, una para Wirdheim), y Enge ganó el título ese año, pero fue degradado a la tercera posición tras un control antidopaje fallido, cediendo el título a Sébastien Bourdais. Arden ganó el Campeonato por Equipos.
Wirdheim se quedó en 2003, con Enge sustituido por Townsend Bell. Björn Wirdheim ganó el título por un margen de 35 puntos sobre el segundo clasificado, Ricardo Sperafico. Arden retuvo el Campeonato de Equipos.
La última temporada de F3000, 2004, estuvo dominada por el piloto principal de Arden, Vitantonio Liuzzi; el apoyo de Robert Doornbos ayudó a asegurar los títulos de Pilotos y Constructores por un amplio margen. El equipo ganó ocho de las diez rondas del campeonato de ese año, con Liuzzi llevándose siete y Doornbos ganando una. Liuzzi llegó al equipo de la mano de su mánager, Helmut Marko, con el patrocinio de Red Bull. En esta época, Horner instaló su equipo Arden International en las instalaciones de Prodrive en Banbury, antes de trasladarlo a las antiguas instalaciones de 22 Motorsport, situadas en las proximidades.
En este momento, Horner buscaba una oportunidad para entrar en la Fórmula 1. Después de que las conversaciones con Eddie Jordan sobre la compra de Jordan Grand Prix quedaran en nada debido a desacuerdos sobre los costes, en noviembre de 2004 la empresa austriaca de bebidas energéticas, Red Bull, compró el equipo Jaguar F1 Team, que se convirtió en Red Bull Racing. En enero de 2005, Horner fue nombrado director del equipo, convirtiéndose en el director de equipo más joven de la época. A pesar de haber sido nombrado sólo ocho semanas antes del Gran Premio de Australia, que abría la temporada, el equipo tuvo un buen comienzo bajo su dirección, ya que los pilotos David Coulthard y Christian Klien terminaron cuarto y séptimo en Australia, y sumaron un total de 34 puntos para el equipo, frente a los nueve que consiguió Jaguar el año anterior. También desempeñó un papel clave en la contratación de Adrian Newey, que fue anunciado como director técnico del equipo en noviembre de 2005.
2006 fue un año de transición: cuando Newey empezó a trabajar en Red Bull en febrero de 2006, el coche de ese año (el RB2) ya había sido diseñado, y el equipo cambió los motores Cosworth por motores Ferrari de cliente, que se sobrecalentaban y eran poco fiables. Sin embargo, el equipo consiguió su primer podio en el Gran Premio de Mónaco, donde Horner se tiró a la piscina vestido sólo con una capa de Superman para celebrarlo.
2007 trajo el RB3, el primer coche del equipo diseñado por Newey, y la llegada de Mark Webber y de los motores Renault, sin embargo, el equipo continuó sufriendo problemas de fiabilidad, con el coche soportando 14 abandonos y consiguiendo un único podio, mientras que el equipo cayó hasta la séptima posición en el Campeonato de Constructores al año siguiente.
El equipo terminó en un sólido segundo lugar en el Campeonato de Constructores de 2009, con los pilotos Sebastian Vettel y Mark Webber terminando segundo y cuarto respectivamente en la carrera por el título de pilotos, y consiguiendo seis victorias entre ambos. En 2010, el equipo ganó su primer Campeonato de Constructores a falta de una carrera, y Sebastian Vettel ganó el Campeonato de Pilotos en la última carrera de la temporada, convirtiéndose en el Campeón del Mundo más joven. Con 36 años, Horner fue el director de equipo más joven en ganar un Campeonato de Constructores de Fórmula 1. En 2011, el equipo ganó su segundo Campeonato de Constructores a falta de tres carreras, y Sebastian Vettel se convirtió en el bicampeón más joven del mundo. En 2012, el equipo ganó su tercer Campeonato de Constructores a falta de una carrera. Sebastian Vettel se convirtió en el tricampeón del mundo más joven. En 2013 Red Bull Racing ganó su cuarto Campeonato de Constructores de F1 consecutivo mientras Sebastian Vettel ganaba su cuarto Campeonato de Pilotos.