En 2003, los inversores de Lancer Group demandaron a Citco por la supuesta difusión a sabiendas de declaraciones «engañosas» del valor neto de los activos (NAV). Citco acabó informando a los inversores de que renunciaba a ser administrador de los fondos de Lancer, pero no dio ninguna explicación. Aunque Citco señaló el hecho de que había solicitado declaraciones al consejo de administración de Lancer sobre la idoneidad de las valoraciones, la jueza Shira Scheindlin escribió: «Aunque estas acciones demuestran el cuestionamiento de las cifras por parte de Citco Group, también podrían interpretarse como los esfuerzos de Citco Group por ocultar su propia participación en el proceso». Finalmente, Citco llegó a un acuerdo con los inversores.
En 2013, tres sistemas de jubilación de Luisiana que habían invertido 100 millones de dólares en un fondo de cobertura que prometía altos rendimientos con bajo riesgo demandaron a Citco, que administraba el acuerdo. La demanda alegaba que Citco dijo a los fideicomisarios de las pensiones que su inversión estaba ganando valor cuando eso no era cierto, ya que Citco engañó a los inversores en cuanto al verdadero valor de los activos de la inversión.
En marzo de 2015, Roger Corman y su esposa presentaron una demanda contra Citco alegando causas de acción que incluían incumplimiento del deber fiduciario, fraude, tergiversación y enriquecimiento injusto, diciendo que terminaron perdiendo hasta 60 millones de dólares debido a las acciones e inacciones inapropiadas de Citco, el administrador del fondo.
Los inversores de Fairfield Greenwich Group, el mayor operador de «fondos alimentadores» del estafador Ponzi Bernard Madoff, presentaron una demanda contra Citco en el caso Anwar contra Fairfield Greenwich, en el Tribunal de Distrito de Estados Unidos, Distrito Sur de Nueva York, ante la juez Shira Scheindlin. Los inversores afirmaron que Citco estaba obligada a calcular de forma independiente los valores liquidativos de los fondos y a proporcionar esas cifras a los accionistas, pero en lugar de ello: «Citco se basó ciega e imprudentemente en la información proporcionada por Madoff y los Fondos para calcular y difundir el VAN de los Fondos… a pesar de que esa información era manifiestamente errónea». Citco fue acusada de no supervisar ni valorar adecuadamente las inversiones de Fairfield Greenwich, más de 7.000 millones de dólares de los cuales fueron enviados a Bernard L. Madoff Investment Securities LLC. Los inversores dijeron que sufrieron grandes pérdidas por el engaño y la negligencia de Citco una vez que se descubrió el esquema Ponzi de Madoff en diciembre de 2008. En agosto de 2015, Citco acordó pagar 125 millones de dólares para resolver las reclamaciones por haber engañado a los inversores para que invirtieran con Fairfield Greenwich Group. El acuerdo fue el mayor con un administrador o custodio relacionado con el fraude de Madoff.