Blakeman asistió a la Universidad de Nebraska de 1984 a 1987, sirviendo principalmente como mariscal de campo suplente para los Cornhuskers de Nebraska, incluyendo las temporadas de 1986 y 1987 detrás del titular Steve Taylor.
Durante el juego de Nebraska contra los Buffaloes de Colorado, que no estaban en el ranking, el 25 de octubre de 1986, el entrenador en jefe Tom Osborne reemplazó a Taylor con Blakeman en el cuarto trimestre. Colorado limitó a Blakeman a 4 de 6 envíos para 37 yardas, y logró vencer a los Huskers por 20-10, su primera victoria sobre Nebraska desde 1967 y la primera de los Buffaloes sobre Nebraska en casa desde 1960.
Blakeman jugó en el Sugar Bowl de 1987, una victoria por 30-15 sobre el campeón de la Southeastern Conference, LSU.
El 3 de octubre de 1987, Carolina del Sur iba ganando a Nebraska, 21-13, cuando Taylor dejó el partido tras lesionarse el hombro en la última jugada del tercer cuarto. En su lugar, Blakeman completó su único pase para 8 yardas. Pero con la ayuda de un fuerte juego de carrera, y la defensa de los Blackshirts de Nebraska que forzó dos pérdidas de balón y permitió sólo 9 yardas en el cuarto trimestre, los Huskers se reunieron alrededor de Blakeman para anotar 17 puntos sin respuesta para ganar, 30-21.
Blakeman también comenzó dos juegos en lugar de un Taylor lesionado, ambos fueron victorias sobre los Jayhawks de Kansas. El 15 de noviembre de 1986, lanzó tres pases de touchdown y corrió por otro mientras conducía a Nebraska a una derrota por 70-0, la peor derrota en la historia de los Jayhawks y el mayor bloqueo de Nebraska hasta ese momento. Y el 10 de octubre de 1987, Blakeman completó 10 de 12 pases para 100 yardas y un touchdown en la victoria de Nebraska por 54-2 sobre Kansas.